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J-GLOBAL ID：201202271480342519   整理番号：12A0726601

超深層配列決定法による病原体ストレス応答に関係する新規で保存されているハコヤナギ属マイクロRNAの全ゲノムプロファイリング

Genome-wide profiling of novel and conserved Populus microRNAs involved in pathogen stress response by deep sequencing

著者 (6件)： CHEN Lei (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...) ,  REN Yuanyuan (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...) ,  ZHANG Yiyun (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...) ,  XU Jichen (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...) ,  ZHANG Zhiyi (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...) ,  WANG Yanwei (Beijing Forestry Univ., National Engineering Lab. for Tree Breeding, Key Lab. of Genetics and Breeding in Forest ...)
資料名： Planta  (Planta)
巻： 235  号： 5  ページ： 873-883  発行年： 2012年05月 
JST資料番号： C0607A  ISSN： 0032-0935  CODEN： PLANAB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロRNA(miRNA)は小RNA(通常20-23 nt)で,発達,分化,成長及び代謝の間の標的遺伝子発現を下方制御する。ハコヤナギ属では,低温,高温,脱水,塩分及び機械的ストレスが関与するmiRNAの広範囲な研究が行われている。しかし,病原体ストレスの間のmiRNA発現パターンをプロファイリングするレポートは殆どない。本研究は,潰瘍病病原体を接種及び非接種したハコヤナギ属由来の2つのライブラリのSolexaシークエンシングによって約38百万の生リードを得た。配列解析は,ハコヤナギ属ゲノムで154の遺伝子座位由来の37のmiRNA科に属する74の保存されたmiRNA配列を同定した。興味深いことに,3つの保全されたmiRNAのmiRNA*は,それらの対応するmiRNAより豊富であった。保存されているmiRNAの全体的発現レベルは,病原体ストレスに供したときに増加した。そして,33のmiRNA配列の発現レベルは顕著に変化した。qRT-PCR法及び配列解析によって決定した発現傾向は類似した。最後に,新規miRNAの63の標的遺伝子及び3つの保存されているmiRNAのための9つの標的遺伝子を数値解析を用いて予測し,その機能に注釈をつけた。超深層配列決定法は樹木の病原体制御miRNAを同定する機会を提供するが,このことは病原体感染の間の制御機構の理解を助ける。Copyright 2011 Springer-Verlag Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ハコヤナギ属 ,  *アンチセンスRNA ,  応答 ,  遺伝学実験技術 ,  病原体 ,  ゲノム ,  PCR法
準シソーラス用語： qRT-PCR法 ,  ストレス応答 ,  ヌクレオチド配列決定 ,  *マイクロRNA

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 深層 ,  病原体 ,  ストレス応答 ,  保存 ,  ハコヤナギ属 ,  マイクロRNA ,  ゲノム ,  プロファイリング