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J-GLOBAL ID：201202276363699181   整理番号：12A0838435

単塩基解像度での5-メチルシトシンおよび5-ヒドロキシメチルシトシンの定量的シークエンシング

Quantitative Sequencing of 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine at Single-Base Resolution

著者 (10件)： BOOTH Michael J. (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  BRANCO Miguel R. (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  BRANCO Miguel R. (Babraham Inst., Cambridge, GBR) ,  FICZ Gabriella (Babraham Inst., Cambridge, GBR) ,  OXLEY David (Babraham Inst., Cambridge, GBR) ,  KRUEGER Felix (Babraham Inst., Cambridge, GBR) ,  REIK Wolf (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  REIK Wolf (Babraham Inst., Cambridge, GBR) ,  BALASUBRAMANIAN Shankar (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  BALASUBRAMANIAN Shankar (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR)
資料名： Science  (Science)
巻： 336  号： 6083  ページ： 934-937  発行年： 2012年05月18日 
JST資料番号： E0078A  ISSN： 0036-8075  CODEN： SCIEA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単塩基解像度でゲノムDNAの5-ヒドロキシメチルシトシン(5hmc)を定量的にマッピングする方法として,酸化的重硫酸シークエンシング(oxBS-Seq)を導入した。5hmcを選択的に5-ホルミルシトシン(5fc)に化学酸化すると,5fcがウラシルに重硫酸変換される。マウスの胚性幹(ES)細胞でoxBS-Seqを用いて,CpGアイランド(CGIs)の5hmcをマッピングして定量した。その結果,5hmcを含むCGIsを800個同定した。これは,平均で3.3%のヒドロキシメチル化であった。転写レギュレーターと関連のあるCGIsおよび散在性の核因子で高レベルの5hmcが見出されたので,ES細胞ではこれらの領域がエピジェネティックな再プログラミングされている可能性が示唆された。

シソーラス用語： *ピリミジン塩基 ,  マウス ,  ES細胞 ,  *ヌクレオチド配列 ,  プロモーター領域 ,  アルキル化 ,  転写因子 ,  対供与体オキシゲナーゼ ,  遺伝学実験技術 ,  *DNA【核酸】 ,  定量的分析 ,  酸化 ,  遺伝的調節 ,  遺伝子発現 ,  ナトリウム化合物 ,  硫酸水素塩
準シソーラス用語： *CpGアイランド ,  DNAシークエンシング ,  エピジェネティックス制御 ,  ヒドロキシメチル化 ,  重硫酸ナトリウム

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (2件)： 5-ヒドロキシメチルシトシン ,  5-メチルシトシン

タイトルに関連する用語 (6件)： 塩基 ,  解像度 ,  5-メチルシトシン ,  5-ヒドロキシメチルシトシン ,  定量 ,  シークエンシング