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J-GLOBAL ID：201202277002539909   整理番号：12A0104672

資源に乏しい農業生産者のマメ科孤児作物であるキマメ(Cajanus cajan)のゲノム概要塩基配列

Draft genome sequence of pigeonpea (Cajanus cajan), an orphan legume crop of resource-poor farmers

著者 (35件)： VARSHNEY Rajeev K (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  SAXENA Rachit K (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  AZAM Sarwar (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  TUTEJA Reetu (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  UPADHYAYA Hari D (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  SHAH Trushar (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  SAXENA K B (International Crops Res. Inst. for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Patancheru, IND) ,  VARSHNEY Rajeev K (CGIAR Generation Challenge Programme (GCP), Mexico, MEX) ,  CHEN Wenbin (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  FAN Guangyi (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  YANG Bicheng (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHANG Gengyun (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  YANG Huanming (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  WANG Jun (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  XU Xun (Beijing Genomics Inst. (BGI)-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LI Yupeng (Univ. Georgia, Georgia, USA) ,  IWATA Aiko (Univ. Georgia, Georgia, USA) ,  JACKSON Scott A (Univ. Georgia, Georgia, USA) ,  BHARTI Arvind K (National Center for Genome Resources (NCGR), New Mexico, USA) ,  FARMER Andrew D (National Center for Genome Resources (NCGR), New Mexico, USA) ,  MAY Gregory D (National Center for Genome Resources (NCGR), New Mexico, USA) ,  SCHLUETER Jessica A (Univ. North Carolina, North Carolina, USA) ,  WHALEY Adam M (Univ. North Carolina, North Carolina, USA) ,  SHERIDAN Jaime (Univ. North Carolina, North Carolina, USA) ,  DONOGHUE Mark T A (National Univ. Ireland Galway (NUIG), Galway, IRL) ,  TUTEJA Reetu (National Univ. Ireland Galway (NUIG), Galway, IRL) ,  SPILLANE Charles (National Univ. Ireland Galway (NUIG), Galway, IRL) ,  PENMETSA R Varma (Univ. California, California, USA) ,  COOK Douglas R (Univ. California, California, USA) ,  WU Wei (Monsanto Co., Missouri, USA) ,  YANG Shiaw-Pyng (Monsanto Co., Missouri, USA) ,  MICHAEL Todd (Monsanto Co., Missouri, USA) ,  MCCOMBIE W Richard (Cold Spring Harbor Lab., New York, USA) ,  WANG Jun (Univ. Copenhagen, DNK) ,  XU Xun (BGI-Americas, Massachusetts, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 30  号： 1  ページ： 83-89  発行年： 2012年01月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： キマメは,世界の多くの半乾燥熱帯地域で,主に小自作農が栽培する重要なマメ科食用作物である。我々は,イルミナ社の次世代配列解読プラットフォームで237.2Gbの配列データを得て,それにサンガー法に基づく細菌人工染色体の末端配列および遺伝地図を組み合わせ,833.07Mbのキマメゲノムの72.7%(605.78Mb)に相当するスキャフォールドを作成した。ゲノム解析により,キマメの48,680遺伝子が予測され,乾燥耐性関連遺伝子のような特定の遺伝子ファミリーがキマメの栽培化およびその祖先からの進化を通じて果たしてきた潜在的な役割が明らかにされた。部分的な重複事象がわずかに発見されたが,ダイズで認められたような最近のゲノム規模での重複事象は観察されなかった。この参照ゲノム配列は,農業上重要な形質の遺伝学的基礎の同定を容易にし,多くの開発途上国の食糧安全保障を改善する可能性を秘めるキマメ改良品種の開発を加速すると考えられる。Copyright Nature Publishing Group 2012

シソーラス用語： *キマメ ,  *ゲノム ,  *ヌクレオチド配列 ,  *計算機システム ,  反復配列 ,  レトロトランスポゾン ,  DNA【核酸】 ,  *遺伝学実験技術 ,  *種差 ,  *相同性 ,  ダイズ ,  ウマゴヤシ属 ,  ミヤコグサ属 ,  ブドウ ,  *作物育種 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： DNAトランスポゾン ,  *Illumina GAプラットフォーム ,  *Illumina HiSeq 2000プラットフォーム ,  シンテニー ,  *プラットフォーム【計算機】 ,  分子配列アノテーション

分類 (3件)： 作物の品種改良  (FC02030G) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (10件)： 資源 ,  農業 ,  マメ科 ,  孤児 ,  作物 ,  キマメ ,  Cajanus ,  ゲノム ,  概要 ,  塩基配列