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J-GLOBAL ID：201202278811633912   整理番号：12A0413332

二次構造アライメントを用いてリボソームRNA中のRNA構造モチーフをクラスター化すること

Clustering RNA structural motifs in ribosomal RNAs using secondary structural alignment

著者 (2件)： ZHONG Cuncong (Univ. Central Florida, FL, USA) ,  ZHANG Shaojie (Univ. Central Florida, FL, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 3  ページ： 1307-1317  発行年： 2012年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新規RNA構造モチーフを同定するためのクラスター化アプローチを提示する。本手法を5S,16S,23S rRNAを含むデータセットに適用したところ。最新のクラスター化法より正確に既知のモチーフを見いだすことができた。既知のモチーフの多くの潜在的に新しい例も同定した。ロープスリングと似る高度に非対称な新規バルジループモチーフを同定した。また,らせんの捻れを著しく増しうる新規内部ループモチーフを見いだした。さらに,既知のヘキサループモチーフと著しく異なる幾何学的配置を示すヘキサループモチーフのサブファミリーを発見した。

シソーラス用語： 二次構造 ,  遺伝学実験技術 ,  *rRNA ,  *クラスタ化 ,  主題 ,  塩基対 ,  非対称性
準シソーラス用語： 配列アラインメント ,  RNA認識モチーフ ,  モチーフ ,  RNAモチーフ

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 二次構造 ,  アライメント ,  リボソームRNA ,  RNA構造 ,  モチーフ ,  クラスター化