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J-GLOBAL ID：201202281573288323   整理番号：12A0302314

16S rRNA配列の検索に基づきキメラを同定するアプローチであるDECIPHER

DECIPHER, a Search-Based Approach to Chimera Identification for 16S rRNA Sequences

著者 (3件)： WRIGHT Erik S. (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  YILMAZ L. Safak (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  NOGUERA Daniel R. (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA)
資料名： Applied and Environmental Microbiology  (Applied and Environmental Microbiology)
巻： 78  号： 3  ページ： 717-725  発行年： 2012年02月 
JST資料番号： A0427A  ISSN： 0099-2240  CODEN： AEMIDF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 16S rRMAのキメラ配列を見つける新たな方法であるDECIPHERの性能を,人工的なキメラ配列を用いて,様々なプログラムと比較した。短い配列用ss_DECIPHERはUchimeと同様に100~600ヌクレオチド長(nt)のキメラを80%ほどの検出率で最もよく検出できたが,長い配列に対しての検出率はUchimeで低下するのに対してss_DECIPHERで低下しなかった。600nt以上を対象とする全長配列用のfs_DECIPHERでは,ss_DECIPHERよりも検出率が75%に低下するが,他のプログラムよりも高かった。近縁なものからのキメラの検出ではDECHIPHERよりもChimeraSlayerやUchimeの性能が優った。ss_DECIPHERとUchimeを組み合わせると全キメラの89%以上を検出できた。fs_DECIPHERは,データベースから他のプログラムで検出できなかったキメラを1~2%の率で検出できた。DECIPHERはR言語で書かれインターネットで利用できる。

シソーラス用語： *rRNA ,  遺伝子 ,  アルゴリズム ,  比率 ,  検出 ,  *計算機プログラム ,  *キメラ ,  ヌクレオチド配列 ,  性能評価 ,  比較
準シソーラス用語： *16S rRNA ,  キメラ遺伝子 ,  検出率 ,  偽陽性 ,  *DECIPHER ,  性能比較

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (4件)： rRNA ,  検索 ,  キメラ ,  同定