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J-GLOBAL ID：201202282245492742   整理番号：12A1650077

癌ゲノムデータの統合的解析による多次元モジュールの発見

Discovery of multi-dimensional modules by integrative analysis of cancer genomic data

著者 (7件)： ZHANG Shihua (Univ. Southern California, CA, USA) ,  ZHANG Shihua (Acad. of Mathematics and Systems Sci., Chinese Acad. of Sci., Beijing, CHN) ,  LIU Chun-Chi (National Chung Hsing Univ., TWN) ,  LI Wenyuan (Univ. Southern California, CA, USA) ,  SHEN Hui (Univ. Southern California, CA, USA) ,  LAIRD Peter W. (Univ. Southern California, CA, USA) ,  ZHOU Xianghong Jasmine (Univ. Southern California, CA, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 19  ページ： 9379-9391  発行年： 2012年10月29日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 連合行列因数分解を用いて,コンビナトリアルパターン発見に対する多次元ゲノムデータの統合的解析の問題に取り組んだ。この方法は,同じ投影方向で高度に重みづけされた不均一変数が多次元モジュールを形成する共有座標系に多重タイプのゲノムデータを投影する。そのようなモジュールにおけるゲノム変数は,有意相関関係およびおそらく機能的会合を特徴とする。癌ゲノムアトラスプロジェクトからの卵巣癌サンプルのDNAメチル化,遺伝子発現およびマイクロRNA発現データへこの方法応用した。これらの多次元モジュールは,単一タイプのデータでは見過ごされたであろう摂動経路を明らかにし,異なる層の細胞活性間の関連を解明し,臨床的に異なる患者サブグループの同定を可能にした。

シソーラス用語： *腫瘍 ,  *ゲノム ,  *モジュール ,  分解 ,  行列 ,  因数分解 ,  座標系 ,  プロジェクト ,  遺伝学 ,  卵巣腫瘍 ,  メチル化 ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子発現 ,  アンチセンスRNA ,  活性 ,  細胞 ,  患者
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  ゲノムプロジェクト ,  マイクロRNA ,  *癌 ,  行列分解 ,  細胞活性 ,  卵巣癌

分類 (6件)： 基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  数学一般  (AB01000K) ,  女性生殖器と胎児の腫よう  (GS04000K) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  付加反応,脱離反応  (CF02030M)

タイトルに関連する用語 (6件)： 癌ゲノム ,  統合 ,  解析 ,  多次元 ,  モジュール ,  発見