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J-GLOBAL ID：201202282719356004   整理番号：12A1164826

AMDA2.13:自動化交差プラットホームマイクロアレイデータ分析にとっての主要更新

AMDA 2.13: A major update for automated cross-platform microarray data analysis

著者 (8件)： KAPETIS Dimos (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  CLARELLI Ferdinando (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  VITULLI Federico (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  DE ROSBO Nicole Kerlero (Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milan, ITA) ,  BERETTA Ottavio (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  FOTI Maria (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  RICCIARDI-CASTAGNOLI Paola (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA) ,  ZOLEZZI Francesca (Univ. Milano-Bicocca, Milan, ITA)
資料名： BioTechniques  (BioTechniques)
巻： 53  号： 1  ページ： 33-34,36,38-40  発行年： 2012年07月 
JST資料番号： C0930C  ISSN： 0736-6205  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Affymetrix社GeneChipsやIllumina社BeadChip,Agilent社一色4×44遺伝子発現プラットホームでの遺伝子発現データに対して完全自動化マイクロアレイ分析を遂行する既存のAMDAの最新多プラットホーム版ソフトウェアであるAMDA2.13について報告した。本AMDAソフトウェアはR-2.14又はそれより高い言語で実行するが,それには最新の付随情報だけでなく主要データ分析段階の全てを包含している。AMDAの情報ルートを図示してその流れを詳述した。また,本ソフトウェアと他のよく知られているマイクロアレイデータ分析用ソフトウェアとの機能性の比較の結果を一覧表で示した。本ソフトウェアは最も一般的に使用されている市販のヒトやマウス,ラットのアレイ由来データ分析のみに限定されず,Arabidopsis thaliana及びSaccharomyces cerevisiaeのような植物及び酵母の遺伝子発現の分析も可能である。本ソフトウェアはBioconductorとの組合せでR言語にて実行されるが,マイクロアレイデータ分析に対してもっとも強力で順応性のあるコマンド駆動解の1つである。また,本ソフトウェアは典型的な分析作業の流れの全局面を扱うのに必要なコンピュータ及び統計の情報が十分でない生物学者に適している。加えて,本報では各アプローチの簡潔的説明と共に得られた結果の包括的説明を示し,プログラミング概念または統計手法に熟知していない生物学者には特に有用である。なお,本ソフトウェアのAMDA2.13はインターネットから自由に利用できる。

シソーラス用語： *ソフトウェア ,  *DNAマイクロアレイ ,  遺伝子発現 ,  *データ解析 ,  情報処理 ,  自動化 ,  ヒト ,  マウス ,  ラット ,  *遺伝子 ,  Arabidopsis thaliana ,  Saccharomyces cerevisiae
準シソーラス用語： Affymetrix GeneChips ,  Agilent 一色4×44アレイ ,  *AMDA2.13 ,  Illumina BeadChip ,  オープンソースソフトウェア ,  情報フロー ,  分析情報ルート

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 自動化 ,  交差 ,  プラットホーム ,  マイクロアレイデータ ,  分析 ,  更新