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J-GLOBAL ID：201202282928373757   整理番号：12A1094884

ハイスループットシークエンシングによるゴムノキ(Hevea brasiliensis L.)中のミクロRNAの全ゲノム解析

Genome-wide analysis of microRNAs in rubber tree (Hevea brasiliensis L.) using high-throughput sequencing

著者 (10件)： LERTPANYASAMPATHA Manassawe (Mahidol Univ., Dep. of Biotechnology, Fac. of Sci., Rama 6 Rd., Rajthewee, 10400, Bangkok, THA) ,  LERTPANYASAMPATHA Manassawe (Inst. of Integrative Genome Biology, Univ. of California, Dep. of Botany and Plant Sciences, 92521, Riverside, CA, USA) ,  GAO Lei (Inst. of Integrative Genome Biology, Univ. of California, Dep. of Botany and Plant Sciences, 92521, Riverside, CA, USA) ,  KONGSAWADWORAKUL Panida (Mahidol Univ., Dep. of Plant Sci., Fac. of Sci., Bangkok, THA) ,  VIBOONJUN Unchera (Mahidol Univ., Dep. of Plant Sci., Fac. of Sci., Bangkok, THA) ,  CHRESTIN Herve (Mahidol Univ., Dep. of Plant Sci., Fac. of Sci., Bangkok, THA) ,  CHRESTIN Herve (Inst. de Rech. pour le Developpement (IRD), Montpellier, FRA) ,  LIU Renyi (Inst. of Integrative Genome Biology, Univ. of California, Dep. of Botany and Plant Sciences, 92521, Riverside, CA, USA) ,  CHEN Xuemei (Inst. of Integrative Genome Biology, Univ. of California, Dep. of Botany and Plant Sciences, 92521, Riverside, CA, USA) ,  NARANGAJAVANA Jarunya (Mahidol Univ., Dep. of Biotechnology, Fac. of Sci., Rama 6 Rd., Rajthewee, 10400, Bangkok, THA)
資料名： Planta  (Planta)
巻： 236  号： 2  ページ： 437-445  発行年： 2012年08月 
JST資料番号： C0607A  ISSN： 0032-0935  CODEN： PLANAB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ミクロRNA(miRNA)は高等植物を含むいろいろな生物体の遺伝子調節における重要な役割をもつ短いRNAである。多くの経済的に重要な植物由来miRNAに関する膨大な情報と対照的に,最も重要な天然ゴム生性作物ゴムノキ(Hevea brasiliensis L.)由来miRNAの同定又は分析に関してはほとんど報告されていない。ゴムノキmiRNA及び標的遺伝子を同定するために,計算論的アプローチを組み合わせたハイスループットシークエンシングを実行した。高及び低ラテックス収量を供給する2つのゴムノキクローン(PB 260及びPB 217)の成長葉及び若葉の大規模シークエンシングによって4つの低分子RNAライブラリーを構築した。56の既知miRNAファミリーに属する115のmiRNAを同定した。そして,ノーザンハイブリダイゼーションによってmiRNA発現を確認し,若干のmiRNAについて発育段階依存的及びクローン特異的発現が明らかになった。本研究は,新しくリリースゴムノキゲノムアセンブリを利用して,20の新規miRNAを予測した。さらに,数値解析で既知及び新規miRNAの潜在的標的を発見した。予測した標的遺伝子は転写因子だけでなくストレス応答,一次及び二次代謝及びシグナル伝達を含む様々な生物過程に関与する遺伝子を包含した。特に,ゴム生合成で役割をもつ遺伝子はmiRNAの予測した標的である。本研究は,ゴムノキの開発及び将来の改良を容易にするためにゴムノキのmiRNA及びその標的の基礎的カタログを提供する。Copyright 2012 Springer-Verlag Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *パラゴムノキ ,  *アンチセンスRNA ,  遺伝学 ,  RNA【核酸】 ,  応答
準シソーラス用語： *miRNA ,  ゲノム解析 ,  ストレス応答 ,  低分子RNA

分類 (2件)： 特用作物一般  (FC03071W) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： Hevea ,  ミクロRNA ,  全ゲノム解析