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J-GLOBAL ID：201202283008823170   整理番号：12A0231129

GoldenGate^TMアッセイを用いた高性能なリンゴのSNP遺伝子型決定プラットホーム

A high-throughput apple SNP genotyping platform using the GoldenGate assay

著者 (4件)： KHAN M. Awais ,  HAN Yuepeng ,  ZHAO Youfu Frank ,  KORBAN Schuyler S.
資料名： Gene  (Gene)
巻： 494  号： 2  ページ： 196-201  発行年： 2012年02月25日 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 一塩基多型(SNP)を同定するために,14のリンゴの遺伝子型から作製したESTデータがNCBIからダウンロードされ,リファレンスESTアッセンブリにマッピングされた。これらのSNPのマッピングは90%の配列類似性とそれぞれのSNP部位にある4つのリードの最小カバレッジを用いて行われた。全部で6888の独自のESTコンティグから平均して187bpごとに1つのSNP,合計37,807のSNPが同定された。同定されたSNPはカスタム高性能遺伝子型決定アッセイの信頼性設計のために,SNP対立遺伝子の両側の≧60bpの隣接配列が調べられた。6525のコンティグを代表する,合計12,299のSNPはSNP部位に隣接する≧60bp配列の選択基準に適合する。これらの中で,1411のSNPは4つのリンゴの遺伝子型を用いて確認された。遺伝子型決定アッセイを基に,60%のSNPは正規のSNPであるが,SNPの26%はパラロガス領域に由来するのかもしれないことが推測された。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： リンゴ ,  *一塩基多型 ,  遺伝子型 ,  *ヌクレオチド配列 ,  データベース
準シソーラス用語： *EST配列 ,  ESTデータベース

分類 (3件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  果樹  (FC03042G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： アッセイ ,  リンゴ ,  SNP ,  遺伝子型決定 ,  プラットホーム