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J-GLOBAL ID：201202283208621245   整理番号：12A0164663

種特異的反復パリンドローム配列を標的としたPCRによるStenotrophomonas maltophiliaのDNAプロファイリング

DNA profiling of Stenotrophomonas maltophilia by PCR targeted to its species-specific repetitive palindromic sequences

著者 (3件)： NUNVAR J. (Charles Univ., Prague, CZE) ,  DREVINEK P. (Charles Univ., Prague, CZE) ,  LICHA I. (Charles Univ., Prague, CZE)
資料名： Letters in Applied Microbiology  (Letters in Applied Microbiology)
巻： 54  号： 1  ページ： 59-66  発行年： 2012年01月 
JST資料番号： C0081C  ISSN： 0266-8254  CODEN： LAMIE7  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:本研究の目的はこの微生物の反復遺伝子外パリンドローム要素(REP)とプライマー相補性を利用するStenotrophomonas maltophiliaのPCRに基づくフィンガープリント法のための簡単なプロトコルを開発することであった。方法および結果:環境起源および臨床起源の34の分離菌の関連性を二つの異なるプライマーを含む二つのSmrepPCR(Stenotrophomonas maltophilia REP指向PCR),gyrB配列決定,XbaIマクロ制限とパルスフィールドゲル電気泳動により調べた。SmrepPCR(プライマーDIRを含む)結果はgyrBヌクレオチド配列解析から得られたデータと匹敵し,複数のクローン複合体を確認したが,XbaIマクロ制限は分離菌間で高レベルの不均一性を示した。分離菌のマクロ制限に基づくクラスタ化はgyrBおよびDIR-SmrepPCRグループ化に対応しなかった。結論:本結果から,分離菌のSmrepPCR推測関連性は配列に基づく方法と十分一致していることを示している。用いたすべての方法から組み合わせた情報により,S.maltophiliaゲノムの迅速進化は主に転移性遺伝要素に起因する高率の再配列によるかもしれない。研究の意義および影響:提出した方法は,S.maltophilia分離株の遺伝子型の代替を行うのに,また集団遺伝学を研究するのに安価で容易である。SmrepPCRはゲノム解析の種特異的反復要素に役立つことを証明している。

シソーラス用語： *PCR法 ,  DNA【核酸】 ,  *Xanthomonas ,  フィンガープリント法 ,  パルスフィールドゲル電気泳動 ,  遺伝子 ,  プライマー【遺伝】 ,  *ヌクレオチド配列 ,  ゲノム ,  分子進化 ,  転移性遺伝要素 ,  パリンドローム ,  *反復配列 ,  遺伝子型 ,  遺伝学 ,  種差 ,  系統樹
準シソーラス用語： gyrB遺伝子 ,  *Stenotrophomonas maltophilia ,  ゲノム解析 ,  種特異性

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 反復 ,  パリンドローム ,  標的 ,  PCR ,  Stenotrophomonas ,  DNAプロファイリング