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J-GLOBAL ID：201202283293052769   整理番号：12A0508149

SVM-T-RFE:遺伝子発現プロファイルを用い結腸直腸癌で転移と関係した遺伝子を同定するための新しい遺伝子選別アルゴリズム

SVM-T-RFE: A novel gene selection algorithm for identifying metastasis-related genes in colorectal cancer using gene expression profiles

著者 (7件)： LI Xiaobo (Dep. of Pathology, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310058, People’s Republic of China) ,  LI Xiaobo (School of Sci. and Technol., Zhejiang International Studies Univ., Hangzhou 310012, People’s Republic of China) ,  PENG Sihua (Dep. of Pathology, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310058, People’s Republic of China) ,  CHEN Jian (Dep. of Pathology, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310058, People’s Republic of China) ,  LUE Bingjian (Dep. of Pathology, The Affiliated Women’s Hospital, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310006, People’s ...) ,  ZHANG Honghe (Dep. of Pathology, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310058, People’s Republic of China) ,  LAI Maode (Dep. of Pathology, School of Medicine, Zhejiang Univ., Hangzhou 310058, People’s Republic of China)
資料名： Biochemical and Biophysical Research Communications  (Biochemical and Biophysical Research Communications)
巻： 419  号： 2  ページ： 148-153  発行年： 2012年03月09日 
JST資料番号： B0118A  ISSN： 0006-291X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転位は,結腸直腸癌(CRC)患者の死亡の主な原因であるが,CRC転移の基礎になる分子機構は,未だ,完全には明らかにされていない。CRCでの転移と関係した遺伝子を同定するための試みで,腫瘍学での発現プロジェクト(http://www.intgen.org/expo/)から55の初期ステージ原発性CRCs,56の後期ステージ原発性CRCsおよび34の転移CRCsの遺伝子発現プロファイルを得た。T-統計を取り込むことにより,サポートベクターマシン再帰的遺伝子抽出法(SVM-RFE)アルゴリズムを拡大した,新しい遺伝子選別アルゴリズム(SVM-T-RFE)を開発した。初期と後期ステージ原発性CRCsおよび転移CRCsと後期ステージ原発性CRCsの間を分類する場合,より小さな遺伝子サブセット(それぞれ10と6)で最高の分類正確性(100%)を得た。別の大規模なCRCデータセットおよび5種類の公共のマイクロアレーデータセットについて,SVM-T-RFEとSVM-RFE遺伝子選別アルゴリズムの性能を比較した。SVM-T-RFEは,より異なって発現する遺伝子の同定でSVM-RFEアルゴリズムを上回り,等しい数または少ない数の選別した遺伝子を用い,最高の予想正確性を示した。選別した遺伝子の分画は,CRC発達または転移と関係することが報告されている。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 遺伝子発現 ,  サポートベクトルマシン ,  結腸腫瘍 ,  直腸腫瘍 ,  遺伝現象 ,  *遺伝的アルゴリズム ,  *腫瘍転移 ,  *大腸腫瘍 ,  精度
準シソーラス用語： 結腸直腸癌 ,  *遺伝子選択 ,  正確度

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子発現プロファイル ,  結腸直腸癌 ,  遺伝子 ,  同定 ,  選別 ,  アルゴリズム