文献

J-GLOBAL ID：201202284003288159   整理番号：12A0262128

定量的リアルタイムPCR(qPCR)法は地下水のDehalococcoides 16S rRNA遺伝子の計数に影響する

Quantitative real-time PCR (qPCR) detection chemistries affect enumeration of the Dehalococcoides 16S rRNA gene in groundwater

著者 (2件)： HATT Janet K. ,  LOEFFLER Frank E.
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 88  号： 2  ページ： 263-270  発行年： 2012年02月 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： qPCRは,バイオマーカー遺伝子を計数するために,通常,蛍光性5′ヌクレアーゼ(TaqMan)およびSYBRグリーン1(SG)を使用する。デハロコッコイデス(Dhc)は,塩素化エチレンの解毒に対する要の細菌であり,Dhc 16S rRNA遺伝子は,汚染された帯水層の還元的脱塩素化を監視するためにバイオマーカーとして働く。同一のプライマーセットとTaqManあるいはSG法を使用した,Dhcバイオマーカー遺伝子のqPCR計数法は,類似した増幅効率で,7桁以上の線形検量線を生じた。TaqMan法は,SG法で低鋳型濃度において観察された非特異的増幅から明確に区別し,測定あたり~3コピーの10倍低い検出限界を持っている。Dhc純培養やDhc含有集団に適用された時,両検出法は3倍を超えない差で,Dhcバイオマーカー遺伝子を計数した。より大きな変動は地下水サンプルで観察され,SG法は疑陽性成績を生じるかTaqMan法に比較して最大6倍高いバイオマーカー遺伝子量を生じた。多くの例で,SG検出法と関連した見かけの誤差は非特異的増幅産物の定量から生じ,低いバイオマーカー濃度あるいはPCR阻害剤を含む地下水サンプルでより鮮明であった。増幅後融解曲線分析を用いた,見かけの誤りの補正は,2から21倍低い存在量推定を生じた;アンプリコンのゲル電気泳動は,融解曲線分析が全ての非特異的増幅を評価するのに不十分であることを示した。融解曲線および電気泳動的アプリコン分析を組み合わせることにより同定された非特異的増幅産物排除で,SG法は,TaqMan法に比較して偽陰性結果を生じた。環境サンプル(例えば地下水)のDhcバイオマーカー遺伝子の高感度で正確な定量を達成するためにまた誤った結論を避けるために,追加の分析がSG法で得られる結果を検証されない限り,分析はTaqMan検出を信頼すべきである。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *PCR法 ,  *rRNA遺伝子 ,  地下水 ,  蛍光染料 ,  生体試料染色 ,  窒素複素環化合物 ,  硫黄複素環化合物 ,  細菌 ,  バイオレメディエーション ,  溶媒 ,  定量的PCR法
準シソーラス用語： *定量的リアルタイムPCR法 ,  qPCR法 ,  *16S rRNA遺伝子 ,  SYBR Green ,  TaqMan法 ,  Dehalococcoides

分類 (2件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (7件)： 定量的リアルタイムPCR ,  qPCR ,  法 ,  地下水 ,  Dehalococcoides ,  rRNA遺伝子 ,  計数