文献

J-GLOBAL ID：201202284707786847   整理番号：12A0735971

コピー数と発現データを統合するアルゴリズムの比較分析

Comparative analysis of algorithms for integration of copy number and expression data

著者 (4件)： LOUHIMO Riku (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  LEPIKHOVA Tatiana (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  MONNI Outi (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  HAUTANIEMI Sampsa (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN)
資料名： Nature Methods  (Nature Methods)
巻： 9  号： 4  ページ： 351-355  発行年： 2012年04月 
JST資料番号： W1413A  ISSN： 1548-7091  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コピー数変化による脱調節遺伝子を解読する,コピー数と発現データを統合するアルゴリズムの性能を,頭頚部扁平上皮癌及び肺扁平上皮癌の実験データとシミュレーションデータを用いて比較した。その結果,方法間において感度と特異性に相違が見られること,また標本サイズにより性能が異なることが分かった。特に小サイズでは比較的多い偽陽性を示すため,DNAメチル化のような他情報を統合する必要がある。ここに紹介したシミュレーターフレームワークは,新規統合法の性能を調べる1つの選択肢である。

シソーラス用語： *コピー数 ,  *遺伝子発現 ,  *アルゴリズム ,  *扁平上皮癌 ,  シミュレーション ,  検出 ,  遺伝子多型 ,  腫瘍
準シソーラス用語： コピー数多型 ,  偽陽性 ,  頭頚部へん平上皮癌 ,  肺扁平上皮癌

分類 (2件)： 腫ようの診断  (GE03020J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： コピー数 ,  発現 ,  統合 ,  アルゴリズム ,  比較分析