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J-GLOBAL ID：201202291128033728   整理番号：12A0346499

大腸菌リボヌクレアーゼHI由来の¹⁵Nスピン緩和のSRLS解析:テンソル的展望

SRLS Analysis of ¹⁵N Spin Relaxation from E. coli Ribonuclease HI: The Tensorial Perspective

著者 (4件)： MEIROVITCH Eva (Bar-Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR) ,  SHAPIRO Yury E. (Bar-Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR) ,  ZERBETTO Mirco (Univ. Padua, Padua, ITA) ,  POLIMENO Antonino (Univ. Padua, Padua, ITA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 2  ページ： 886-894  発行年： 2012年01月19日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は大腸菌リボヌクレアーゼHI(RNアーゼH,エンドヌクレアーゼ EC3.1.26.4)由来の¹⁵N-Hスピン緩和パラメータに関する先のモード結合緩速緩和局所構造(SRLS)解析の一貫である。RNアーゼHの局所空間拘束の非対称性を説明するために用いたSRLS解析に関し,傾斜軸の局所秩序化(S)と局所拡散(D₂)テンソルの面で局所空間拘束の非対称性を実証することを試みた。アプローチは直接的ではないが,物理的音響構造と動的情報を提供し,計算上効率的である。二次構造要素(ループ)に対して局所秩序パラメータS₀²が平均0.89(0.84及び0.6と同じほど小)であることを見いだした。主な局所秩序化軸はC_i-1^α-C_i^α軸から6°と同じほど小変位している。D_2,⊥は300Kで大域拡散速度D₁=1.8×10⁷/sと実質同じであった。二次構造要素(ループ)に対して相関時間1/D_2,∥は3~125(208~3449psにわたり,C末端(ループ)に対して平均125psであった。主たる局所拡散軸はN-H結合から二次構造要素に対して2°(10°)と同じほど小変位している。多くの事例で限定的不確実性のある疑いのない結果を導く有効なデータあてはめプロトコルを工夫した。蛋白質におけるN-H結合構造動力学の新しい絵図を提供する¹⁵Nスピン緩和を解析するための物理的音響及び計算上有効な方法論を示した。

シソーラス用語： *RNアーゼH ,  大腸菌 ,  エンドヌクレアーゼ ,  *局所性 ,  非対称性 ,  *秩序パラメータ ,  アミノ基 ,  化学結合 ,  *構造力学 ,  動力学 ,  音響構造 ,  拡散速度 ,  テンソル ,  相関関数 ,  時間依存性 ,  タンパク質 ,  二次構造 ,  *磁気緩和 ,  ループ構造 ,  不確実性 ,  近似法 ,  窒素15NMR ,  規則化 ,  化学シフト ,  平均値 ,  拡散係数 ,  モード結合 ,  方法論
準シソーラス用語： N-H結合 ,  スピン緩和 ,  モデルあてはめ ,  リボヌクレアーゼH ,  局所構造 ,  構造動力学 ,  相関時間 ,  蛋白質二次構造 ,  秩序化

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  有機化合物のNMR  (BM07044Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 大腸菌 ,  スピン緩和 ,  解析 ,  テンソル ,  展望