文献

J-GLOBAL ID：201202293482633352   整理番号：12A1421185

連続体溶媒モデルによる経験的静電地図を用いる溶液中小蛋白質のアミドI′赤外スペクトルのDFTに基づくシミュレーション

DFT-Based Simulations of Amide I′ IR Spectra of a Small Protein in Solution Using Empirical Electrostatic Map with a Continuum Solvent Model

著者 (2件)： WELCH William R. W. (Univ. Wyoming, Wyoming, USA) ,  KUBELKA Jan (Univ. Wyoming, Wyoming, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 35  ページ： 10739-10747  発行年： 2012年09月06日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水溶液中蛋白質P22ウイルスコート蛋白質の40残基サブドメインについてアミドI′の赤外スペクトルシミュレーションのため連続体溶媒モデルを試験した。本研究は静電地図を組合せた連続体溶媒モデルが溶液中蛋白質の赤外スペクトルシミュレーションに対して計算上効率的で潜在的ロバスト性アプローチを提供できるかの脈絡で,溶媒空洞表面とAMBER側鎖原子部分電荷から得た静電ポテンシャル地図によって蛋白質の縮減全Ala表示に対するDFT(BPW91/6-31G^**)パラメータを用い得たスペクトルを補正した。2.0Åに至るまで付加した有効溶媒半径を用いvan der Waals(vdW)原子半径から導いた種々の空洞サイズを試験した。側鎖と溶媒を分離と同様に一緒に考慮することにより側鎖と溶媒静電効果間の相互作用を調べた。側鎖立体配座ゆらぎに対する感受性とC_β基の部分電荷パラメタリゼーションに対する感受性も試験した。シミュレーション結果を二個の¹³C同位体編集変異体と同様に明示溶媒中で分子動力学トラジェクトリーに基づく先のシミュレーションを含むP22サブドメインの実測アミドI′スペクトルと比較した。小さな空洞サイズについて,vdWと0.5Åの付加溶媒半径を有する空洞サイズ間で特に¹³C標識付けスペクトルについて明示溶媒表示を用いる実験と優れた定量的一致を得た。もはや溶媒ポテンシャルによって良く補償されない一層大きな蛋白質空洞は側鎖の増す一層大きな静電効果により漸進的に悪い予測を導いた。側鎖と溶媒静電効果間の均衡はシミュレーションしたアミドI′の幅と形状を決定する上で重要であり,側鎖の幾何学ゆらぎに実質的に影響を受けない。

シソーラス用語： P22ファージ ,  *ウイルスタンパク質 ,  *アミノ酸残基 ,  *C-N結合 ,  *赤外スペクトル ,  スペクトルシミュレーション ,  静電場 ,  空洞 ,  van der Waals半径 ,  原子半径 ,  静電相互作用 ,  立体配座 ,  ゆらぎ ,  パラメタリゼーション ,  感受性 ,  同位体 ,  突然変異体 ,  分子動力学 ,  トラジェクトリー ,  プログラムパッケージ ,  密度汎関数法 ,  基底関数系 ,  ロバスト性 ,  水溶液 ,  標識法
準シソーラス用語： AMBER ,  DFT方法 ,  アミド結合 ,  コート蛋白質 ,  構造ゆらぎ ,  静電ポテンシャル ,  変異体 ,  有効半径 ,  連続体モデル ,  標識付け

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  有機化合物の赤外スペクトル及びRaman散乱,Ramanスペクトル  (BM08064T)

タイトルに関連する用語 (11件)： 連続体 ,  溶媒 ,  モデル ,  経験 ,  地図 ,  溶液 ,  蛋白質 ,  アミド ,  赤外スペクトル ,  DFT ,  シミュレーション