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J-GLOBAL ID：201202296104185880   整理番号：12A0171613

6-10xピロシークエンシングは全原核生物ゲノム研究の実際的手法である

6-10× pyrosequencing is a practical approach for whole prokaryote genome studies

著者 (3件)： LI Jun ,  JIANG Jingwei ,  LEUNG Frederick C.
資料名： Gene  (Gene)
巻： 494  号： 1  ページ： 57-64  発行年： 2012年02月15日 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全細菌ゲノムシークエンシングのための次世代454ピロシークエンシング法は,公式プロトコールが提示する深さでは少なくとも15-20x,しかし実際にはふつう20x以上でなされるディープシークエンシングストラテジーを含む。この研究で著者らは,1480の原核生物ゲノムの現実的ピロシークエンシング模擬データと7ランの機械生産データに基づいてde novoアセンブリーの質の総括的評価を行った。著者らの結果は,ほとんどの原核生物ゲノムで,400bpの読み取り能力のあるランで6-10xシークエンスが高品質ドラフトアセンブリーをもたらした(>98%ゲノム被覆率,>100kbのN50サイズの<100コンティグ,>99.99の一塩基確実度,<0.01%の欠失挿エラー率,<0.5%の偽遺伝子喪失/重複率)。著者らの研究は,低深度ピロシークエンシングストラテジーの威力を証明し,そのストラテジーは短時間で全原核生物ゲノムをシークエンスするための経済的な方法を提供し,細菌集団の多様性や比較ゲノミクスのさらなる研究を可能にする。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列 ,  原核生物 ,  *ゲノム ,  シミュレーション ,  分子集合体 ,  種差 ,  被覆率
準シソーラス用語： *ピロシークエンシング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： ピロシークエンシング ,  原核生物 ,  ゲノム ,  研究 ,  手法