文献

J-GLOBAL ID：201202298723388550   整理番号：12A1432634

P.abyssiのファミリーB DNAポリメラーゼによる正準塩基及び脱アミノ塩基の分子認識

Molecular Recognition of Canonical and Deaminated Bases by P. abyssi Family B DNA Polymerase

著者 (7件)： GOUGE Jerome (Unite de Dynamique Structurale des Macromolecules, UMR 3528 du CNRS, Inst. Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75015 Paris, FRA) ,  GOUGE Jerome (Univ. Paris Diderot, Sorbonne Paris Cite, Cellule Pasteur, Paris, FRA) ,  RALEC Celine (Ifremer, UMR 6197 du CNRS, Lab. de Microbiologie des Environnements Extremes, BP 70, 29280 Plouzane, FRA) ,  RALEC Celine (Univ. de Bretagne Occidentale, UMR 6197 du CNRS, Lab. de Microbiologie des Environnements Extremes, 29280 Plouzane, FRA) ,  HENNEKE Ghislaine (Ifremer, UMR 6197 du CNRS, Lab. de Microbiologie des Environnements Extremes, BP 70, 29280 Plouzane, FRA) ,  HENNEKE Ghislaine (Univ. de Bretagne Occidentale, UMR 6197 du CNRS, Lab. de Microbiologie des Environnements Extremes, 29280 Plouzane, FRA) ,  DELARUE Marc (Unite de Dynamique Structurale des Macromolecules, UMR 3528 du CNRS, Inst. Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75015 Paris, FRA)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 423  号： 3  ページ： 315-336  発行年： 2012年10月26日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pyrococcus abyssiのDNA Bファミリーポリメラーゼ(PabPolB)を用いて,脱アミノヌクレオチドと天然ヌクレオチドとの識別を,プライマー伸長アッセイ,電気泳動移動度シフトアッセイ,及びX線結晶解析により研究した。蛋白質と,+4位にdUあるいはdHのどちらかを持つDNA二本鎖との複合体の構造を,各々2.3Å及び2.9Å分解能で回折した。PabPolBはエディティングモードにおいて見出された。新たな金属結合部位を,+4塩基が弾き出される塩基チェック空洞の下方に明らかにした。それは八面体様式において完全に水和し,強くねじれた鋳型鎖を導くのに役立った。正準塩基の各々を持つ四つの他の結晶構造もまたエディティングモードにおいて解析し,エキソヌクレアーゼ部位における三つのヌクレオチドの存在は,その金属Aの八面体から4面体への配位状態におけるシフトを引き起こした。驚いたことに全ての正準塩基はまた,結合幾何学及び計算結合自由エネルギーにおいて脱アミノ塩基と比較して極めて小さな差異を伴って,塩基チェックポケットに侵入した。どのようにしてこのことが複製フォークの停止をもたらすのかを説明するために,塩基が複数回チェックされる全触媒経路,及びその分岐が考慮しなければならなかった。得られた結果は,伸長からエディティングモードへのスイッチが,修飾塩基が+5位である時,ヌクレオチド挿入後に正しい位置に戻ることを強く示唆した。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 古細菌 ,  *DNAポリメラーゼ ,  *分子認識 ,  脱アミノ ,  核酸塩基 ,  ゲル電気泳動 ,  遺伝子操作 ,  X線構造解析 ,  タンパク質核酸複合体 ,  結合部位 ,  結晶構造 ,  配位結合 ,  自由エネルギー ,  DNA複製 ,  酵素反応機構
準シソーラス用語： Pyrococcus abyssi ,  X線結晶構造解析 ,  プライマー伸長法 ,  結合自由エネルギー ,  電気泳動移動度シフト分析 ,  複製フォーク

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子の複製  (EC02030F)

タイトルに関連する用語 (5件)： ファミリー ,  DNAポリメラーゼ ,  塩基 ,  脱アミノ ,  分子認識