- 2021 - 2026 ウイルス駆動の海洋低次生態系の時計仕掛けと海洋への影響解明
- 2019 - 2024 光合成補助色素フコキサンチンの未知なる生合成系の解明とその誕生の謎を紐解く
- 2019 - 2023 フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラの機能進化の解明
- 2018 - 2023 クロロフィルcの生化学から顕生代海洋基礎生産の進化を紐解く
- 2018 - 2021 植物プランクトンの多様な光利用戦略:ロドプシンを用いた新奇な光利用機構の探索
- 2017 - 2021 非光合成生物の光適応進化の全容解明
- 2016 - 2021 時空間的探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築
- 2015 - 2019 光合成能喪失藻類をモデルとした従属栄養性への進化を駆動する因子の提唱
- 2015 - 2018 好気性真核生物から嫌気性真核生物への進化におけるスナップショットと多様性の解明
- 2016 - 2017 マトリョーシカ型進化原理の展開
- 2011 - 2016 ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明
- 2012 - 2015 「天狗の麦飯」の多様性と消滅因子の解明
- 2011 - 2012 連続二次共生に伴う葉緑体ゲノム進化:緑色渦鞭毛藻類を例として
- 2006 - 2008 麻痺性貝毒原因藻シストのミトコンドリア遺伝子の動態解明による発芽予測法の開発
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