文献

J-GLOBAL ID：201302205086699821   整理番号：13A1052560

複数メタゲノムのカバー率別分類で得られる培養不能希少細菌のゲノム配列

Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes

著者 (6件)： ALBERTSEN Mads (Aalborg Univ., Aalborg, DNK) ,  NIELSEN Kare L (Aalborg Univ., Aalborg, DNK) ,  NIELSEN Per H (Aalborg Univ., Aalborg, DNK) ,  HUGENHOLTZ Philip (Univ. Queensland, Queensland, AUS) ,  SKARSHEWSKI Adam (Univ. Queensland, Queensland, AUS) ,  TYSON Gene W (Univ. Queensland, Queensland, AUS)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 31  号： 6  ページ： 533-538  発行年： 2013年06月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生態学,進化,ヒトおよび動物の健康に対して微生物が果たす多様な役割の解明に標準ゲノムが求められているが,多くの微生物種は依然として培養不能である。今回我々は,高深度のメタゲノム配列から質の高い微生物ゲノムを配列構成非依存的に得る方法を示す。同一微生物群の相対集団存在量の異なる複数のメタゲノムを用いることにより,活性汚泥バイオリアクターから,希少種(相対存在量1%未満)を含む31組の細菌ゲノムが組み立てられた。12組のゲノムは完全またはほぼ完全な染色体に組み立てられた。そのうち4組は細菌門の候補であるTM7に属し,この門に関してこれまでで最も完成度の高いゲノムとなった(相対存在量0.06~1.58%)。既報のメタゲノムを再解析することにより,カバー率別分類は,基本的に配列構成に基づく従来法と比較して,完成度および忠実度の高いゲノム群の回収に有用であることが明らかにされた。この方法は,標準的なメタゲノムのツールボックスに重要な要素として追加され,培養不能微生物のゲノムの解明を大いに促進すると考えられる。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： *ゲノム ,  ミクロフローラ ,  *細菌 ,  培養 ,  *個体群 ,  環境影響 ,  自然淘汰 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *バイオリアクタ ,  生存率 ,  染色体 ,  遺伝学 ,  忠実度 ,  *活性汚泥
準シソーラス用語： *活性スラッジ ,  *メタゲノム ,  *培養不能希少細菌 ,  *培養不能細菌 ,  *希少種 ,  *ゲノム配列 ,  *活性スラッジバイオリアクタ ,  微生物群 ,  相対集団存在量 ,  相対生存率 ,  ゲノム解析

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： メタゲノム ,  分類 ,  培養 ,  細菌 ,  ゲノム配列