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J-GLOBAL ID：201302210195373697   整理番号：13A1542741

ベンガルトラPanthera tigris tigris由来の発現した配列タグの完全鎖長濃縮cDNAの作製及び予備解析

Construction of a Full-Length Enriched cDNA Library and Preliminary Analysis of Expressed Sequence Tags from Bengal Tiger Panthera tigris tigris

著者 (10件)： LIU Changqing (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  LIU Changqing (Bengbu Medical Coll., Bengbu, CHN) ,  LIU Dan (Northeast Tiger Wooden Land of Heilongjiang, Harbin, CHN) ,  GUO Yu (Bengbu Medical Coll., Bengbu, CHN) ,  LU Taofeng (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  LI Xiangchen (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  ZHANG Minghai (Northeast Forestry Univ., Harbin, CHN) ,  MA Jianzhang (Northeast Forestry Univ., Harbin, CHN) ,  MA Yuehui (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN) ,  GUAN Weijun (Chinese Acad. of Agricultural Sci., Beijing, CHN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 14  号： 6  ページ： 11072-11083 (WEB ONLY)  発行年： 2013年06月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究において,良く知られている野生動物であるベンガルトラ(Panthera tigris tigris)から完全長の濃縮cDNAライブリーの作製に成功した。in vitroで培養したベンガルトラの線維芽細胞から全RNAを抽出した。プライマリー及び増幅したライブラリーのタイターは,各々1.28×106pfu/mL,1.56×109pfu/mLであった。非増幅ライブラリーからの組換え体の割合は,90.2%であり,外因性挿入の平均長は,0.98kbであった。356~1108bps範囲の長さを有する全部で212のESTsについて解析を進めた。BLASTXスコアの結果,配列の48.1%は強いマッチング,名目上45.3%,弱いマッチングとして6.6%であった。公知の推定機能を有するESTsの中で,26.4%のESTsは全ての代謝の種類に,19.3%のESTsは情報蓄積とプロセシングに,11.3%のESTsは翻訳後修飾,蛋白質ターンオーバー,シャペロンに,11.3%のESTsはトランスポートに,9.9%のESTsはシグナル伝達/細胞コミュニケーションに,9%のESTsは構造蛋白質に,3.8%のESTsは細胞周期に関連していた。僅か6.6%のESTsは新規な遺伝子に分類された。EST配列化によって,フェリチンをコードしている完全長遺伝子を同定し特性化した。組換えプラスミドpET32a-TAT-フェリチンを作製し,N末端とC末端に各々6つのHisタグを有するTATフェリチン融合蛋白質をコードする遺伝子を作製した。BCA測定の後,可溶性Trx-TAT-フェリチン組換え蛋白質濃度は,2.32±0.12mg/mLであった。以上の結果から,本cDNAライブラリーの信頼性と代表性は,スタンダードcDNAライブラリーの要求に応えることができた。本ライブラリーはベンガルトラの機能的ゲノム及びトランスクリプトームのための有用なプラットホームに成り得ることが考えられた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *フェリチン ,  *ネコ科 ,  cDNA ,  遺伝子発現 ,  ヌクレオチド配列 ,  アミノ酸配列 ,  PCR法 ,  線維芽細胞 ,  RNA【核酸】 ,  翻訳後修飾 ,  細胞情報伝達 ,  細胞周期 ,  シャペロンタンパク質 ,  データベース ,  アフィニティー標識 ,  融合タンパク質 ,  末端基 ,  プラスミド
準シソーラス用語： トラ ,  *ベンガルトラ ,  Panthera tigris ,  全RNA ,  細胞内シグナル伝達 ,  ESTデータベース ,  ヒスチジンタグ ,  N末端 ,  C末端

分類 (3件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  動物の生化学  (EJ01050P) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (9件)： トラ ,  Panthera ,  発現 ,  タグ ,  鎖長 ,  濃縮 ,  cDNA ,  作製 ,  解析