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J-GLOBAL ID：201302215170516126   整理番号：13A1320174

5′-GCGC-3′を標的とするヘアピン状ピロール及びイミダゾール含有ポリアミドのDNA結合親和性と塩基配列特異性に対する一個のピロールのβ-アラニン置換の影響

Effect of single pyrrole replacement with β-alanine on DNA binding affinity and sequence specificity of hairpin pyrrole/imidazole polyamides targeting 5′-GCGC-3′

著者 (12件)： HAN Yong-woon (Inst. for Integrated Cell-Material Sciences (WPI-iCeMS), Kyoto Univ., Yoshida Honmachi, Sakyo, Kyoto 606-8501, JPN) ,  HAN Yong-woon (CREST, Japan Sci. and Technol. Corp. (JST), Sanbancho, Chiyoda, Tokyo 102-0075, JPN) ,  KASHIWAZAKI Gengo (Dep. of Chemistry, Graduate School of Sci., Kyoto Univ., Kitashirakawa-oiwakecho, Sakyo, Kyoto 606-8502, JPN) ,  MORINAGA Hironobu (Dep. of Chemistry, Graduate School of Sci., Kyoto Univ., Kitashirakawa-oiwakecho, Sakyo, Kyoto 606-8502, JPN) ,  MATSUMOTO Tomoko (Inst. for Integrated Cell-Material Sciences (WPI-iCeMS), Kyoto Univ., Yoshida Honmachi, Sakyo, Kyoto 606-8501, JPN) ,  MATSUMOTO Tomoko (Dep. of Human Life Studies, Doshisha Women’s Coll. of Liberal of Arts, Teramachi Nishiiru, Imadegawa-dori, Kamigyo ...) ,  HASHIYA Kaori (Dep. of Chemistry, Graduate School of Sci., Kyoto Univ., Kitashirakawa-oiwakecho, Sakyo, Kyoto 606-8502, JPN) ,  BANDO Toshikazu (Dep. of Chemistry, Graduate School of Sci., Kyoto Univ., Kitashirakawa-oiwakecho, Sakyo, Kyoto 606-8502, JPN) ,  HARADA Yoshie (Inst. for Integrated Cell-Material Sciences (WPI-iCeMS), Kyoto Univ., Yoshida Honmachi, Sakyo, Kyoto 606-8501, JPN) ,  SUGIYAMA Hiroshi (Inst. for Integrated Cell-Material Sciences (WPI-iCeMS), Kyoto Univ., Yoshida Honmachi, Sakyo, Kyoto 606-8501, JPN) ,  SUGIYAMA Hiroshi (Dep. of Human Life Studies, Doshisha Women’s Coll. of Liberal of Arts, Teramachi Nishiiru, Imadegawa-dori, Kamigyo ...) ,  SUGIYAMA Hiroshi (CREST, Japan Sci. and Technol. Corp. (JST), Sanbancho, Chiyoda, Tokyo 102-0075, JPN)
資料名： Bioorganic & Medicinal Chemistry  (Bioorganic & Medicinal Chemistry)
巻： 21  号： 17  ページ： 5436-5441  発行年： 2013年09月01日 
JST資料番号： W0556A  ISSN： 0968-0896  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： N-メチルピロール(Py)-N-メチルイミダゾール(Im)ポリアミドは,定められたDNA配列を高い塩基配列特異性で認識できる小さな有機分子である。多くの真核生物プロモーター領域が非常にGCリッチな配列を含んでいるため,GCリッチなモチーフを認識するPy-Imポリアミドを合成し,その特徴を調べることは有用である。ここでは,5′-GCGC-3′を認識する4つのヘアピン状Py-Imポリアミド1~4を合成し,その結合状況を表面プラズモン共鳴分析で調べた。Py-Imポリアミド2~4は,Py-Imポリアミド1のPy単位を,それぞれ2個,1個,及び,1個のβ-アラニン単位で置換したものである。Py-Imポリアミド2~4の標的DNAへの結合親和性は,それぞれ,1の430,390及び610倍であった。2の標的DNAとの結合及び解離速度は,それぞれ,1と比較して11倍と37倍改善された。2,3及び4の標的DNAへの結合親和性は同等であったが,3と4の結合及び解離速度は2より高かった。5′-GTAC-3′と2~4との結合親和性は,標的DNAと比較してそれぞれ,29分の1,270分の1及び110分の1であった。3と4が2より大きな特異性を持っているので,これらがエピジェネティックな調節のためのDNA結合モジュールとして適切である。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ポリアミド ,  分子認識 ,  親和性 ,  遺伝的調節 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヘアピン構造 ,  プラズマ共鳴
準シソーラス用語： DNA結合 ,  *GCリッチ配列 ,  エピジェネティック制御 ,  *ピロール・イミダゾールポリアミド ,  結合親和性 ,  結合特異性 ,  表面プラズモン共鳴法

分類 (2件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： N-[3-(ジメチルアミノ)プロピル]-3-[[4-[[4-[3-[[4-[4-[[4-[[4-[[4-[[4-[[3-(3-アミノプロパノイルアミノ)プロパノイル]アミノ]-1-メチル-1H-イミダゾール-2-イル]カルボニルアミノ]-1-メチル-1H-ピロール-2-イル]カルボニルアミノ]-1-メチル-1H-イミダゾール-2-イル]カルボニルアミノ]-1-メチル-1H-ピロール-2-イル]カルボニルアミノ]ブチリルアミノ]-1-メチル-1H-イミダゾール-2-イル]カルボニルアミノ]プロパノイルアミノ]-1-メチル-1H-イミダゾール-2-イル]カルボニルアミノ]-1-メチル-1H-ピロー

タイトルに関連する用語 (10件)： 標的 ,  ピロール ,  イミダゾール ,  ポリアミド ,  DNA結合 ,  親和性 ,  塩基配列 ,  特異性 ,  β-アラニン ,  置換