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J-GLOBAL ID：201302216800900457   整理番号：13A0768623

天然代謝物の三次元構造データベース(3DMET):実行3D構造の新しいデータベース

Three-Dimensional Structure Database of Natural Metabolites (3DMET): A Novel Database of Curated 3D Structures

著者 (2件)： MAEDA Miki H. (National Inst. of Agrobiological Sci., Ibaraki, JPN) ,  KONDO Kazumi (Otsuka Pharmaceuticals, Co., Ltd., Tokushima, JPN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 53  号： 3  ページ： 527-533  発行年： 2013年03月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 3D構造を生化学または生理的機能と関連付けるためには,天然リガンドは,蛋白質の機能を推定するため重要である。3DMETと名付けた天然代謝物の3D構造のデータベースを開発した。2Dから3Dへの構造の変換中に,多くの構造がキラル原子と結合で誤変換されていることを見出した。何種類かの人気のあるコンバーターを,変換の正確性について試験した。どの方法も,天然代謝物の全ての構造を満足にカバーできなかった。誤変換された構造は,用手法で訂正した。訂正後も無視できない誤りが残ったため,自己チェックシステムを開発し,作業の流れに組み入れた。

シソーラス用語： *構造 ,  *データベース ,  *代謝産物 ,  *天然材料 ,  生物活性 ,  配位子 ,  *プログラム検査 ,  化合物 ,  変換
準シソーラス用語： *三次元構造 ,  *化合物データベース ,  蛋白質機能 ,  キラル化合物

分類 (2件)： 生薬一般  (GX06010Y) ,  医用情報処理  (JE15030Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 代謝物 ,  三次元構造 ,  データベース ,  3D