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J-GLOBAL ID：201302217814708687   整理番号：13A0652789

平均場QM/MM自由エネルギー計算における連続溶質電荷密度の厳密で効率的な処理

Accurate and Efficient Treatment of Continuous Solute Charge Density in the Mean-Field QM/MM Free Energy Calculation

著者 (2件)： NAKANO Hiroshi (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  YAMAMOTO Takeshi (Kyoto Univ., Kyoto, JPN)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 1  ページ： 188-203  発行年： 2013年01月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 平均場QM/MM自由エネルギー計算において,QM部分の静電ポテンシャルを格子記述し,QM/MM-Ewald法によりMM領域の平均場計算における遠距離静電相互作用の切捨て誤差を改善する方法を提案した。連続溶質電荷密度の厳密で効率的な処理が可能であり,通常の点電荷モデルに比べて収束が早い利点をもつ。S_N2反応Cl^-+CH₃Cl→ClCH₃+Cl^-,Menshtkin反応NH₃+CH₃Cl→NH₃CH₃⁺+Cl^-,ホスホリル解離反応CH₃OPO₃^2-→CH₃O^-+PO₃^-,リン酸ジエステルモノアニオンに対するヒドロキシドイオンの攻撃HO^-+PO₂(OMe)OPhX^-→HOPO₂(OMe)^-+OPhX^-への応用例を示した。

シソーラス用語： *平均場近似 ,  *分子内力学 ,  *エネルギー計算 ,  *電荷分布 ,  密度 ,  電位 ,  格子模型 ,  数値解法 ,  遠距離相互作用 ,  *静電相互作用 ,  打切 ,  減少 ,  SN2反応 ,  リン酸 ,  無機酸エステル ,  アニオン ,  水酸化物イオン
準シソーラス用語： Ewald法 ,  *QM/MM法【分子力学】 ,  ヒドロキシドイオン ,  リン酸エステル ,  格子モデル ,  誤差低減 ,  *自由エネルギー計算 ,  静電ポテンシャル ,  切捨て ,  電荷密度

分類 (4件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子間相互作用  (BH07020P) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  物理化学一般その他  (CB01030T)

タイトルに関連する用語 (4件)： 平均場 ,  自由エネルギー計算 ,  溶質 ,  電荷密度