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J-GLOBAL ID：201302219282721445   整理番号：13A0579395

STAR:超高速ユニバーサルRNA-seqのアライナー

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

著者 (9件)： DOBIN Alexander (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  DAVIS Carrie A. (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  SCHLESINGER Felix (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  DRENKOW Jorg (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  ZALESKI Chris (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  JHA Sonali (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  BATUT Philippe (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA) ,  CHAISSON Mark (Pacific Biosciences, CA, USA) ,  GINGERAS Thomas R. (Cold Spring Harbor Lab., NY, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 1  ページ： 15-21  発行年： 2013年01月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループットRNA-seqデータセットの正確なアラインメントは,その非連続的転写体構造故に未解決である。現在のRNA-seqアライナーはマッピング誤差率が高く,マッピング速度が遅い。新しいRNA-seqアラインメントアルゴリズム,シードクラスタリングおよび縫い目法を用い,参照資料へのスプライスド転写体アラインメント(STAR)ソフトウェアを開発した。この方法は,800億の読み以上の大規模ENCODEトランスクリプトームRNA-seqデータセットに応用した。この方法はほかのアライナーに比較してマッピング速度が50倍以上で,12スレッドを用い1時間あたり5.5億2x76塩基対 Illumina対末端読みを達成した。同時にアラインメントの感受性および正確さも改善した。H1ESおよびHUVEC細胞系からの1920個の遺伝子間スプライシング結合およびアンチセンススプライス結合の解析から,この方法の高い正確さを確認した。

シソーラス用語： 計測 ,  *遺伝学実験技術 ,  トランスクリプトーム ,  RNAスプライシング ,  アンチセンスRNA ,  血管内皮細胞 ,  培養細胞 ,  ソフトウェア ,  ハイスループット法 ,  *配列アライメント ,  DNA配列解析 ,  ヒト臍帯静脈内皮細胞 ,  *RNA-seq ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： DNAシークエンシング ,  HUVEC ,  *RNA-seq法 ,  アラインメントアルゴリズム

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  情報処理一般  (JE15010U) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (3件)： StAR ,  RNA-seq ,  アライナー