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J-GLOBAL ID：201302219386944730   整理番号：13A1597302

TCC:ロバスト正規化方法によるタグカウントデータを比較するためのRパッケージ

TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies

著者 (4件)： SUN Jianqiang (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  NISHIYAMA Tomoaki (Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  SHIMIZU Kentaro (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  KADOTA Koji (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： July  ページ： 14:219 (WEB ONLY)  発行年： 2013年07月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:次世代シークエンシング技術に基づく示差的発現解析はRNA発現研究の基礎的手法である。著者らは最近,複製を持つ2群RNA-seqデータの多段階正規化方法(TbTと呼ぶ)を開発し,TbTとともに4種類のRパッケージ(edgeR,DESeq,baySeq,NBPSeq)で利用可能な統計的方法が,実際に示差的発現している遺伝子(DEG)が上位にランクされ,非DEGが下位にランクされる高品位ランク遺伝子リストを作出できることを示した。しかし,現在のTbT方法の利点は莫大な計算時間コストから来ている。さらに,これらのRパッケージはこのような多段階戦略に基づく正規化方法を有していなかった。結果:TCC(タグカウント比較の頭文字)は,タグカウントデータの示差的発現解析のための一連の機能を提供するRパッケージである。このパッケージには多段階正規化方法が組み込まれており,その戦略はデータ標準化を行う前に潜在的DEGを取り除くことである。このDEG除去戦略(DEGES)に基づく正規化機能は,(i)複製有り無しの2群データに対するDEGESに基づく元のTbT方法,(ii)複製有り無しの2群データに対するずっと速い方法,および(iii)多群比較のための方法を含んでいる。TCCは,edgeR,DESeq,およびbaySeqにより提供される機能の組み合わせによる解析を行うための単純統一インターフェースを提供する。さらに,様々な条件下でのシミュレーションデータの生成機能と既存パッケージ中の機能からなる改変DEGES手順が提供される。バイオインフォーマティクス研究者はTCCを用いて自身の方法を評価でき,他のRパッケージに馴染んだ生物学者はTCCで何ができるかを容易に学ぶことができる。結論:TCCにおけるDEGESは,タグカウントデータの正確な正規化,特に試料中の1つにおける上方および下方調節DEGの数が極端に偏っている場合の正確な正規化に必須である。TCCは,示差的発現が不偏から極度に偏っている場合まで,様々なシナリオにおけるタグカウントデータの解析に有用である。TCCはhttp://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/TCC/で利用でき,2.13版からBioconductor(http://bioconductor.org/)に登場予定である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *正規化 ,  方式 ,  *遺伝子発現 ,  解析 ,  *計算機コード ,  データ ,  インタフェイス ,  情報科学 ,  生物学
準シソーラス用語： Rパッケージ ,  TCC【ソフトウェア】 ,  タグカウントデータ ,  *タグカウント比較 ,  バイオインフォマティクス ,  *ロバスト正規化方法 ,  遺伝子発現解析 ,  解析ソフトウェア ,  *示差的発現解析

分類 (4件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  その他の情報処理  (JE15050M)

タイトルに関連する用語 (4件)： TCC ,  ロバスト ,  正規化 ,  Rパッケージ