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J-GLOBAL ID：201302224185192580   整理番号：13A1866411

フィラミン-ペプチド相互作用の結合親和性を理解するためのツールMMGBSA

MMGBSA As a Tool To Understand the Binding Affinities of Filamin-Peptide Interactions

著者 (2件)： YLILAURI Mikko (Univ. Jyvaeskylae, Jyvaeskylae, FIN) ,  PENTIKAEINEN Olli T. (Univ. Jyvaeskylae, Jyvaeskylae, FIN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 53  号： 10  ページ： 2626-2633  発行年： 2013年10月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子力学一般化Born表面積(MM-GBSA)計算を用いることで,コンピュータによる予測が実験的に測定したフィラミンA(FLNa)-ドメイン群に対するペプチドの結合親和性と良く関連することを示す。ペプチドに結合したFLNaサブユニットの自由エネルギー結合をin silicoでのMM-GBSA法により推定した。本計算結果は実験データと良く相関しており,テストした全FLAa-ドメインへの1つのリガンド結合およびFlNa21へのテスト全リガンド結合の信頼の置ける順位付けを可能にした。さらに,この相関は用いた静電溶媒和エネルギー(GB)モデルに無関係であった。さらに,操舵分子動力学シミュレーション(SMD)により,結合溝におけるFLNa-ペプチドのホットスポットを明らかにした。本法に基づく分子動力学(MD)は,蛋白質-蛋白質相互作用のエネルギーの概算および起こりうる原子レベル事象の解析を可能にすることを証明した。これらの手法は新規なFLN機能モジュレーターの開発を方向付けるために有用であると考えられる。

シソーラス用語： *アクチン結合タンパク質 ,  サブユニット ,  *分子内力学 ,  溶媒和 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  ペプチド ,  *分子間相互作用 ,  自由エネルギー ,  熱量測定 ,  Born近似 ,  結合部位 ,  タンパク質複合体 ,  予測技法
準シソーラス用語： MM-GBSA ,  *フィラミンA ,  等温滴定熱量測定

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： フィラミン ,  ペプチド ,  相互作用 ,  結合親和性 ,  理解 ,  ツール