Illumina 450k arrayを用いた組織特異性差動的メチル化領域の同定および系統的アノテーション

SLIEKER Roderick C; BOS Steffan D; BOS Steffan D; GOEMAN Jelle J; BOVEE Judith VMG; TALENS Rudolf P; VAN DER BREGGEN Ruud; SUCHIMAN H Eka D; LAMEIJER Eric-Wubbo; PUTTER Hein; VAN DEN AKKER Erik B; VAN DEN AKKER Erik B; ZHANG Yanju; JUKEMA J Wouter; SLAGBOOM P Eline; SLAGBOOM P Eline; MEULENBELT Ingrid; MEULENBELT Ingrid; HEIJMANS Bastiaan T; HEIJMANS Bastiaan T

文献

J-GLOBAL ID：201302229268237900 整理番号：13A1803483

Illumina 450k arrayを用いた組織特異性差動的メチル化領域の同定および系統的アノテーション

Identification and systematic annotation of tissue-specific differentially methylated regions using the Illumina 450k array

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資料名：
巻： 6 号： Aug ページ： 6:26 (WEB ONLY) 発行年： 2013年08月
JST資料番号： U7028A ISSN： 1756-8935 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:DNAメチル化は,細胞分化の主要機序として認識されている。様々な研究で,エピジェネティックに制御されているゲノム領域の特徴を調べるために組織間比較が行われたが,研究デザインおよび関心の違いにより,組織特異的メチル化に主に関連するゲノム領域のアノテーションに関してコンセンサスがいまだ得られていない。本論文では新規アルゴリズムを使用し,4種類の末梢組織(血液,唾液,頬側スワブ(buccal swabs)および毛包)ならびに6種類の内部組織(肝臓,筋肉,膵臓,皮下脂肪,大網および脾臓;対応する血液試料もともに採取)のIllumina 450k chipデータから,組織特異性作動的メチル化領域(tDMRs)の同定およびアノテーションを行った。結果:tDMRsの大半は,相対的にも絶対的にもCpG配列の少ない領域であった。更なる解析から,これらの領域は選択的転写イベント(選択的第一エクソン,相互排他的エクソンおよびカセット型エクソン)に関連していることが明らかになった。ほんのわずかなtDMRs領域が,遺伝子本体(gene-body)のCpGアイランド(13%)またはCpGアイランドショア領域(25%)にマップされる。このことから,これまで示されていたよりもこれらの領域の働きはあまり顕著でないことが示唆される。ENCODEによるアノテーションを適用したところ,DNアーゼ高感受性部位および転写因子結合部位におけるtDMRsの濃縮が観察された。組織間差の方が大きいが,内部組織のDNAメチル化の個人差は血液の一部のCpG部位での個人差と遺伝子座特異的および組織特異的な相関を示す。結論:tDMRs配列は主にCpG配列の少ない領域に存在し,選択的転写スプライシングに関連すると結論付けられる。さらに,簡単に採取可能な末梢組織において測定されるDNAメチル化に相関する,内部組織の多種多様にメチル化された領域を収載するデータベースを構築することの有用性が本データから示された。(翻訳著者抄録)

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遺伝子発現

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