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J-GLOBAL ID：201302230451344374   整理番号：13A1160994

全-ゲノムのショットガン配列データから20Gbのwhite spruce (Picea glauca)のゲノムを集合させる

Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data

著者 (28件)： BIROL Inanc (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  BIROL Inanc (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  BIROL Inanc (Simon Fraser Univ., BC, CAN) ,  RAYMOND Anthony (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  JACKMAN Shaun D. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  PLEASANCE Stephen (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  COOPE Robin (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  TAYLOR Greg A. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  YUEN Macaire Man Saint (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  KEELING Christopher I. (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  BRAND Dana (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  VANDERVALK Benjamin P. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  KIRK Heather (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  PANDOH Pawan (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  MOORE Richard A. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  ZHAO Yongjun (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  MUNGALL Andrew J. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  JAQUISH Barry (British Columbia Ministry of Forests, BC, CAN) ,  YANCHUK Alvin (British Columbia Ministry of Forests, BC, CAN) ,  RITLAND Carol (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  BOYLE Brian (Univ. Laval, QC, CAN) ,  BOUSQUET Jean (Univ. Laval, QC, CAN) ,  RITLAND Kermit (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  MACKAY John (Univ. Laval, QC, CAN) ,  BOHLMANN Joerg (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  JONES Steven J.M. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  JONES Steven J.M. (Univ. British Columbia, BC, CAN) ,  JONES Steven J.M. (Simon Fraser Univ., BC, CAN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 12  ページ： 1492-1497  発行年： 2013年06月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： white spruce (Picea glauca)は北アメリカ北方の森林で優勢な針葉樹で,商業的にもあ重要である。ここではショットガン配列をABySSアルゴリズムで集合させることを目的とした。カナダ,ブリティッシュコロンビア州の木の根の細胞からDNAを抽出し,精製した。ライブラリ構築プログラムと試薬を用いた実験でライブラリを準備した。MiSeqを使用して,より長い読み取り配列を調製した。配列を読みとり,HiSeqからの250bpとMiSeqPETからの500bpを融合させた。このようにして出来上がった4つのセットを集合させた。その結果,最終的に,17.4Gb配列データの集合が得られた。

シソーラス用語： *遺伝子ライブラリー ,  *針葉樹
準シソーラス用語： *ゲノムライブラリー

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： ゲノム ,  ショットガン ,  Picea ,  集合