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J-GLOBAL ID：201302234755006241   整理番号：13A1109880

太平洋の白エビ(Litopenaeus vanamei)におけるEST派生SNPの発見および選択的圧力解析

EST-derived SNP discovery and selective pressure analysis in Pacific white shrimp(Litopenaeus vannamei)

著者 (4件)： Liu Chengzhang (Inst. of Oceanology, Chinese Acad. of Sciences, Qingdao) ,  Wang Xia (Center of Bioinformatics, Coll. of Life Sci., Northwest A&F Univ., Yangling) ,  Xiang Jianhai (Inst. of Oceanology, Chinese Acad. of Sciences, Qingdao) ,  Li Fuhua (Inst. of Oceanology, Chinese Acad. of Sciences, Qingdao)
資料名： Chinese Journal of Oceanology and Limnology  (Chinese Journal of Oceanology and Limnology)
巻： 30  号： 5  ページ： 713-723  発行年： 2012年 
JST資料番号： W1447A  ISSN： 0254-4059  CODEN： CJOEO  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： NCBIデータベースからの1セットの155 411発現遺伝子配列断片(EST)を計算的に解析し,17225単一塩基変異多型(SNP)を,9546推移,5124移転位および2481インデルを含めて予測した。機能的に注釈したコンティグ内に位置する7298のSNP代用内で,58.4%(4262)はアミノ酸変化を導入できる非同義SNPであった。非同義/同義置換(Ka/K)比の分布範囲は0~4.01(平均値0.42,中央値0.26)であり,大部分の疾患遺伝子が浄化選択下にあることを示唆した。濃縮解析から正負選択下の多重遺伝子存在論カテゴリを識別した。先天性免疫応答および雄性配偶子生成に含まれるカテゴリは選択された遺伝子に富み,それはショウジョウバエと霊長動物の報告に類似した。この研究は,Drosophilaとprimates小エビ類の中の選択的な圧力の最初のtranscriptome-全体に亘って評価した。機能的に注釈されたSNPは,品種改良に潜在的な分子マーカーの価値のある資源を供給した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST

シソーラス用語： 太平洋 ,  資源 ,  一塩基多型 ,  圧力 ,  解析 ,  *エビ
準シソーラス用語： EST ,  Litopenaeus vanamei ,  SNP ,  *白エビ

分類 (1件)： 魚類以外の水産動物  (FH02030V)

タイトルに関連する用語 (8件)： 太平洋 ,  白 ,  エビ ,  Litopenaeus ,  EST ,  SNP ,  発見 ,  解析