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J-GLOBAL ID：201302238070515033   整理番号：13A0652837

Dickerson-Drew十二量体の構造,剛性及び副状態

Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer

著者 (10件)： DRSATA Tomas (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. Czech Republic, Prague, CZE) ,  DRSATA Tomas (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. Czech Republic, Brno, CZE) ,  PEREZ Alberto (Stony Brook Univ., Stony Brook, USA) ,  OROZCO Modesto (Inst. for Res. in Biomedicine, and Barcelona Supercomputing Center, Barcelona, ESP) ,  OROZCO Modesto (National Inst. of Bioinformatics, Barcelona, ESP) ,  OROZCO Modesto (Univ. Barcelona, ESP) ,  MOROZOV Alexandre V. (Rutgers Univ., Piscataway, USA) ,  SPONER Jiri (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. Czech Republic, Brno, CZE) ,  SPONER Jiri (Masaryk Univ., Brno, CZE) ,  LANKAS Filip (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. Czech Republic, Prague, CZE)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 1  ページ： 707-721  発行年： 2013年01月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： B-DNAのDickerson-Drew十二量体(DD)の性質を,異なるイオン条件や水モデルを用いた原子レベルの分子動力学シミュレーション(MD)で分析した。DD末端の塩基対はオリゴマの構造に影響を与えるので,MDでは異なる塩基対を用いた。MDにおける塩基対内,塩基対間,主鎖などに関する構造パラメータを,既存のX線及びNMRの構造データと比較した。MDは,主鎖サブ状態と塩基対間の構造の明瞭な関連を示した。剛性塩基の非局所性調和モデルを用いて,DDの力学的性質を推定した。今回の分析は,DDの構造動力学,力学的性質,塩基対と主鎖の配置の連関などについて新たな知見を与えた。

シソーラス用語： *B-DNA ,  多量体 ,  *計算機シミュレーション ,  構造パラメータ ,  塩基対 ,  分子動力学 ,  剛性 ,  立体配座 ,  結晶構造 ,  構造
準シソーラス用語： *Dickerson-Drew十二量体 ,  十二量体 ,  *分子動力学シミュレーション ,  X線構造 ,  NMR構造

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  生物物理学一般  (EA02020O)

タイトルに関連する用語 (2件)： 二量体 ,  剛性