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J-GLOBAL ID：201302241880759649   整理番号：13A0766933

Fragment Recruitment On Metabolic Pathways:メタゲノムとメタトランスクリプトームの比較代謝プロファイリング

Fragment recruitment on metabolic pathways: comparative metabolic profiling of metagenomes and metatranscriptomes

著者 (7件)： DESAI Dhwani K. (Helmholtz Centre for Ocean Res. Kiel (GEOMAR), Kiel, DEU) ,  DESAI Dhwani K. (Dalhousie Univ., Halifax, CAN) ,  SCHUNCK Harald (Helmholtz Centre for Ocean Res. Kiel (GEOMAR), Kiel, DEU) ,  LOESER Johannes W. (Helmholtz Centre for Ocean Res. Kiel (GEOMAR), Kiel, DEU) ,  LOESER Johannes W. (Christian-Albrechts Univ. Kiel, Kiel, DEU) ,  LAROCHE Julie (Helmholtz Centre for Ocean Res. Kiel (GEOMAR), Kiel, DEU) ,  LAROCHE Julie (Dalhousie Univ., Halifax, CAN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 6  ページ： 790-791  発行年： 2013年03月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代謝経路あるいはカスタムメード経路への酵素アノテーションのマッピングおよび可視化と,Pathway Completeness Scores,相対的なActivity Scoreあるいは酵素濃縮オッズ比に関するサンプル比較のためのjavaプログラムFragment Recruitment On Metabolic Pathways(FROMP)について示した。本プログラムとPERLベースのアノテーションパイプラインMeta2Proにより,環境試料あるいは処理の異なる培養の代謝プロファイリングのための,迅速で正確な独立解が得られた。FROMPにより,他の統計学的プログラムに直接利用可能なメタオミックスサンプルのスコアマトリックスも得られることが示された。

シソーラス用語： ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  代謝経路 ,  可視化 ,  アノテーション ,  *ソフトウェア ,  酵素
準シソーラス用語： *FROMP ,  メタゲノム ,  メタトランスクリプトーム

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： メタゲノム ,  トランスクリプトーム ,  代謝 ,  プロファイリング