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J-GLOBAL ID：201302247204286183   整理番号：13A0088584

新エネルギー盆地を試料採取するための対流レプリカ交換法

A Convective Replica-Exchange Method for Sampling New Energy Basins

著者 (4件)： SPILL Yannick G. (Inst. Pasteur, Dep. of Structural biology and chemistry, Paris, FRA) ,  SPILL Yannick G. (Sorbonne Paris Cite, Paris, FRA) ,  BOUVIER Guillaume (Inst. Pasteur, Dep. of Structural biology and chemistry, Paris, FRA) ,  NILGES Michael (Inst. Pasteur, Dep. of Structural biology and chemistry, Paris, FRA)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 34  号： 1-2  ページ： 132-140  発行年： 2013年01月05日 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： レプリカ交換法は,凹凸地形のエネルギー盆地を試料採取する際の強力なシミュレーション法である。この交換法を小規模に改変することにより,レプリカの往復速度を大規模に増加し,それと同時にレプリカ交換障壁の形成を回避する対流レプリカ交換法を開発した。この方法で,レプリカの1つは一方向にのみ移動する。複雑性の異なる系3種,すなわち潜在溶媒中のアラニンジペプチド,潜在溶媒中のGB1βヘアピン,および高度フラストレート系アミロイドβ(Aβ)ペプチドの25~35領域を用い,この対流レプリカ交換法を試験した。Aβ_25-35ホモ三量体に対する本法は,標準法の2倍の速さであり,27の自由エネルギー盆地から24を発見する際の所要時間は500ns未満である。本法は,交換障壁の片側で通常形成するレプリカ群の形成を回避し,その試料採取効率は標準法より良好である。

シソーラス用語： *モンテカルロ法 ,  *試料採取 ,  エネルギー ,  エネルギー資源 ,  分子動力学 ,  アミロイドβタンパク質 ,  ペプチド ,  *シミュレーション
準シソーラス用語： *レプリカ交換法 ,  新エネルギー ,  アミロイドβペプチド

分類 (2件)： 分子の性質一般  (BH05031D) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： アラニンジペプチド

タイトルに関連する用語 (5件)： 新エネルギー ,  盆地 ,  試料採取 ,  対流 ,  レプリカ交換法