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J-GLOBAL ID：201302247286740227   整理番号：13A0245313

古典的Drude振動子に基づく水の6サイト分極モデル

Six-site polarizable model of water based on the classical Drude oscillator

著者 (4件)： YU Wenbo (Dep. of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy, Univ. of Maryland, 20 Penn Street, Baltimore, Maryland 21201, USA) ,  LOPES Pedro E. M. (Dep. of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy, Univ. of Maryland, 20 Penn Street, Baltimore, Maryland 21201, USA) ,  ROUX Benoit (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  MACKERELL Alexander D. (Dep. of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy, Univ. of Maryland, 20 Penn Street, Baltimore, Maryland 21201, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 138  号： 3  ページ： 034508-034508-13  発行年： 2013年01月21日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 周囲条件下での液体のシミュレーションのために,分極水モデル,SWM6,を開発し最適化した。以前開発したSWM4-NDPモデルの上に構築し,酸素孤立電子対を表現する付加的なサイトを導入した。サイトの構造は剛性と仮定した。多数の調整パラメータを考え,多項式フィッティングとともに焼き鈍しを用いて,モデル最適化を容易にした。この新しい水モデルは,システムサイズ効果を考慮した後に,正しい自己拡散係数を生成し,二量体構造はSWM4モデルよりも良い結果をもたらすことを示した。さらに,実験的酸素-酸素動径分布もよく再現され,この新しいモデルがバルク相の水の局所水素結合構造を正確に記述することを示唆した。このことは,さらに,バルク相での水の水素の実験による核磁気遮蔽および関連する化学シフトを再現する能力,局所水素結合構造に敏感な性質によって立証された。加えて,SWM6モデルによる液体特性と広く使われている多くの追加分極モデルの結果との比較を行った。先行するSWM4-NDP分極モデルに比べてこの新しいモデルによって,全体として,単量体,二量体,クラスタ,およびバルク相の水の間で改良されたバランスが得られるが,このモデルの適用には約2倍の計算機資源を必要とする。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *固体論 ,  *振動子 ,  *水 ,  孤立電子対 ,  多項式 ,  最適化 ,  サイズ効果 ,  拡散係数 ,  二量体 ,  動径分布関数 ,  核磁気遮蔽 ,  化学シフト ,  水素結合 ,  *分極
準シソーラス用語： *Drude理論 ,  自己拡散係数

分類 (1件)： 液体構造一般  (BK02010E)

タイトルに関連する用語 (4件)： 振動子 ,  水 ,  分極 ,  モデル