文献

J-GLOBAL ID：201302252757238369   整理番号：13A1597230

Phylotastic!生命の木の知識を入手,再利用可能で便利なものにする

Phylotastic! Making tree-of-life knowledge accessible, reusable and convenient

著者 (28件)： STOLTZFUS Arlin (National Inst. of Standards and Technol., MD, USA) ,  LAPP Hilmar (National Evolutionary Synthesis Center, NC, USA) ,  MATASCI Naim (Univ. Arizona, AZ, USA) ,  DEUS Helena (National Univ. Ireland, Galway, IRL) ,  SIDLAUSKAS Brian (Oregon State Univ., OR, USA) ,  ZMASEK Christian M (Sanford-Burnham Medical Res. Inst., CA, USA) ,  VAIDYA Gaurav (Univ. Colorado Boulder, CO, USA) ,  PONTELLI Enrico (New Mexico State Univ., NM, USA) ,  CRANSTON Karen (National Evolutionary Synthesis Center, NC, USA) ,  VOS Rutger (NCB Naturalis, Leiden, NLD) ,  WEBB Campbell O (Harvard Univ., MA, USA) ,  HARMON Luke J (Univ. Idaho, ID, USA) ,  PIRRUNG Megan (Univ. Colorado Denver Anschutz Medical Campus, CO, USA) ,  O’MEARA Brian (Univ. Tennessee, TN, USA) ,  PENNELL Matthew W (Univ. Idaho, ID, USA) ,  MIRARAB Siavash (Univ. Texas at Austin, TX, USA) ,  ROSENBERG Michael S (Arizona State Univ., AZ, USA) ,  BALHOFF James P (National Evolutionary Synthesis Center, NC, USA) ,  BIK Holly M (UC Davis, CA, USA) ,  HEATH Tracy A (Univ. Texas at Austin, TX, USA) ,  MIDFORD Peter E (National Evolutionary Synthesis Center, NC, USA) ,  BROWN Joseph W (Univ. Idaho, ID, USA) ,  MCTAVISH Emily Jane (Univ. Texas at Austin, TX, USA) ,  SUKUMARAN Jeet (Duke Univ., NC, USA) ,  WESTNEAT Mark (Field Museum of Natural History, IL, USA) ,  ALFARO Michael E (South Univ. California Los Angeles, CA, USA) ,  STEELE Aaron (Univ. Texas at Austin, TX, USA) ,  JORDAN Greg
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： May  ページ： 14:158 (WEB ONLY)  発行年： 2013年05月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:大きな”生命の木”(ToL)を築く多年の努力にもかかわらず,科学者は系統樹の専門知識をめったに再利用しない。注目すべき例外は,専門家による植物分類群の系統樹から,カスタム系統樹を生み出すツールを供給するPhylomaticの利用である。このことは,既知の種のリストから成るクエリから始め,非標準の名称を修正し,関連分類群を含む専門家による系統樹を同定し,不要部分を取り除き,枝の長さや注釈を補い,その結果利用者の必要に応じたカスタム系統樹を得るという,より一般化されたシステムへの可能性を示唆する。そのようなシステムは,明確に定義されたインターフェイスを通して相互に作用する疎結合分散システムとして実行すれば,持続可能なコミュニティ資源となりうる。結果:そのような”phylotastic”なシステムの構築を目的として,NESCentのHackathons,Interoperability,Phylogenies(HIP)分科会は,2012年6月,24人の科学者プログラマーを一週間のプログラミングハッカソンへ募った。5チームが以下の設計,実装,文書化,提示,テストを行った:(1)コンポーネント統合のための一般化されたシステム;(2)概念実証剪定機とコントローラ;(3)分類学名解決サービスのためのmeta-API;(4)データ交換のためのセマンティックウェブ技術を用いた,系統樹を保管し,見つけ,取り出すシステム;(5)ノードに年代を割り当てる時間較正された系統樹を作成する革新的新規サービス;(6)実演プロジェクト。これらの成果はパブリックコードリポジトリ,ウェブサイト,サーバーイメージから利用できる。結論:約9人月の努力(ソフトウェア開発ハッカソンを中心に)の結果,4つのコアphylotasticコンポーネント,3つのコントローラ,3つのエンドユーザ実演ツールのための概念実証ソフトウェアの設計と実装が得られた。これらの成果には制限があるが,計算可能な形で系統学的知識を容易に利用可能にする分散システムの可能性を大いに示唆している。phylotasticシステムの広汎な利用により,出典や方法の注釈,第三者による品質評価の方法などToL事業の他領域における革新を刺激する,系統学的知識を共有するための電子市場が生まれるだろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *系統樹 ,  生物学 ,  生物分類 ,  ソフトウェア開発 ,  Webサービス ,  再利用 ,  *カスタム化
準シソーラス用語： データ再利用 ,  ハッカソン ,  系統分類学 ,  生命の木

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 生命 ,  木 ,  知識 ,  入手 ,  再利用可能