文献

J-GLOBAL ID：201302253255158198   整理番号：13A0766934

RepeatExplorer:次世代配列データ由来の真核生物の反復成分のゲノムワイド特性検討のためのGalaxyベースのウエブサーバー

RepeatExplorer: a Galaxy-based web server for genome-wide characterization of eukaryotic repetitive elements from next-generation sequence reads

著者 (5件)： NOVAK Petr (Biology Centre, ASCR, Ceske Budejovice, CZE) ,  NEUMANN Pavel (Biology Centre, ASCR, Ceske Budejovice, CZE) ,  PECH Jiri (Biology Centre, ASCR, Ceske Budejovice, CZE) ,  STEINHAISL Jaroslav (Biology Centre, ASCR, Ceske Budejovice, CZE) ,  MACAS Jiri (Biology Centre, ASCR, Ceske Budejovice, CZE)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 6  ページ： 792-793  発行年： 2013年03月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 反復成分の特性検討のためのソフトウエアツールの1つであるRepeatExplorerについて示した。サーバーの重要な構成要素はグラフベースの配列クラスタリングアルゴリズムを用いる計算パイプラインで,既知の要素の参照データベースなしにde novoの反復同定が促進された。このアルゴリズムはゲノムからランダムにサンプリングされた短い配列を用いることから,次世代配列データの解析に理想的であることが示された。同定された反復の分類を支援するために別のツールを用い,レトロエレメントの系統発生関係を調べ,多様な種間の反復成分の比較解析を行った。サーバーにより数百万の配列データ解析することが可能となり,高等植物ゲノムの殆どの高頻度反復配列と中頻度反復配列が同定されることが示された。

シソーラス用語： *ソフトウェア ,  *ヌクレオチド配列 ,  *反復配列 ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  ゲノム ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： *RepeatExplorer

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代 ,  データ由来 ,  真核生物 ,  反復 ,  ゲノム