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J-GLOBAL ID：201302258569129690   整理番号：13A1597216

PASTA:RNA配列データからのスプライス部位の同定

PASTA: splice junction identification from RNA-Sequencing data

著者 (2件)： TANG Shaojun (Univ. Florida, FL, USA) ,  RIVA Alberto (Univ. Florida, FL, USA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： Apr  ページ： 14:116 (WEB ONLY)  発行年： 2013年04月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代トランスプリプトーム配列(RNA-Seq)は選択的スプライシングおよびその制御に関する研究のための強力な実験ツールとして台頭してきているが,適した分析法とツールを必要としている。PASTA(スプライシングのパターン化アライメントおよびトランスプリプトーム解析)は,RNA-Seqデータに特化して設計されたスプライシング部位検出アルゴリズムであり,精度の高いアライメント法と高精度でエクソン-イントロン接合部位を同定する発見的および統計学的方法の併用に依存している。シミュレーションおよび実データセットにおけるTopHatや他のスプライス部位予測ソフトウェアとの比較は,PASTAが,特に狭い範囲では高い特異性と感度を示した。さらに,PASTAは高度に設定可能で柔軟であり,そのため幅広い解析状況に対応できる。すなわち,単一端および両端読みの両方を処理可能であり,古典的スプライシングシグナルの存在に依存せず,正確に部位を同定するために生物種特異的回帰モデルを用いている。PASTAは,RNA-Seqデータからスプライシング部位を同定するのにとても効率的で感度の高いツールである。類似のプログラムと比較して,真のスプライシング部位をより多く同定できる能力をもち,その位置や特徴についての詳細な情報を含む高度に注釈付けされた出力ファイルを提供する。正確な接合部位データは,次にスプライシングアイソフォームの再構成とその発現レベル解析を促す。これは,PASTAパイプラインの残りのモジュールが実行するが,まだ開発中である。従って,PASTAの使用は,転写および選択的スプライシングの大規模研究を可能にする。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 選択的スプライシング ,  遺伝学実験技術 ,  *アルゴリズム ,  アラインメント ,  精度 ,  *ヌクレオチド配列 ,  回帰モデル ,  改良 ,  柔軟性
準シソーラス用語： RNA配列解析 ,  アライメント精度 ,  *RNAスプライス部位 ,  *予測アルゴリズム ,  性能向上

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： RNA ,  スプライス部位 ,  同定