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J-GLOBAL ID：201302261156626417   整理番号：13A0479524

一本と二本核酸鎖構造中の2′-C-メチルピリミジンヌクレオシドの立体配座状態

Conformational States of 2′-C-Methylpyrimidine Nucleosides in Single and Double Nucleic Acid Stranded Structures

著者 (9件)： ROBALDO Laura (INGEBI (CONICET), Buenos Aires, ARG) ,  PONTIGGIA Rodrigo (INGEBI (CONICET), Buenos Aires, ARG) ,  LELLA Santiago Di (Ciudad Universitaria, ARG) ,  ESTRIN Dario A. (Ciudad Universitaria, ARG) ,  ENGELS Joachim W. (Johann Wolfgang Goethe-Univ., Frankfurt am Main, DEU) ,  IRIBARREN Adolfo M. (INGEBI (CONICET), Buenos Aires, ARG) ,  IRIBARREN Adolfo M. (Universidad Nacional de Quilmes, Prov. de Bs. As., ARG) ,  MONTSERRAT Javier M. (INGEBI (CONICET), Buenos Aires, ARG) ,  MONTSERRAT Javier M. (Universidad Nacional de Gral. Sarmiento, Prov. de Bs. As., ARG)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 1  ページ： 57-69  発行年： 2013年01月10日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 2′-C-メチル類似物質を含むRNA二本鎖の融点と円偏光二色性スペクトルがπスタッキング,水素結合,水和パターン及び糖パッカリングに及ぼす影響を明らかにする脈絡で,2′-メチルウリジン,5-ブロモ-2′-C-メチルウリジンまたは(2′S)-2′-デオキシ-2′-メチルウリジンを含む12量体RNA:RNA二本鎖集合のハイブリダイゼーション性能を解析した。修飾二本鎖の融解点温度は重要ΔT_m減少(-8.9から-12.5°C)を示して,一方,円二色性実験はヘリックスがなおA型であり,局在化した擾乱無秩序を示唆した。2′-C-メチル修飾の効果について構造情報を得るため二本鎖環境中AMBERを用いる分子動力学(MD)シミュレーションを行った。一方,10~23DNAザイムコアの様な一本鎖環境中2′-デオキシ-2′-メチルヌクレオシド挙動を調べる企てにおいて,MDシミュレーションを行い,修飾類似物質を一本鎖レポート茎-ループ構造に組入れて,MDトラジェクトリーに沿った糖立体配座を調べた。一本鎖の優先立体配座状態にも拘らず,2′-C-メチル類似物質は十分に柔軟で一本鎖環境で種々のパッカリングを採用できることを観察した。

シソーラス用語： *二本鎖RNA ,  *分子ハイブリダイゼーション ,  多量体 ,  *ヌクレオチド配列 ,  ループ構造 ,  融点 ,  *ヘリックス構造 ,  無秩序系 ,  局所性 ,  プログラムパッケージ ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  円偏光二色性 ,  ヌクレオシド類似体 ,  *立体配座 ,  環パッカリング ,  擬回転 ,  回転角 ,  時間依存性 ,  動径分布関数 ,  塩基対 ,  二面角 ,  DNA【核酸】 ,  RNAヌクレオチジルトランスフェラーゼ ,  トラジェクトリー ,  円偏光二色スペクトル ,  水素結合 ,  分子間相互作用 ,  水和
準シソーラス用語： AMBER ,  DNAザイム ,  πスタッキング ,  ヌクレオシド類似物質 ,  ハイブリダイゼーション ,  円偏光二色性スペクトル ,  円二色性 ,  核酸立体配座 ,  擬似回転 ,  局在化 ,  分子動力学シミュレーション ,  無秩序挙動 ,  融解点

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (3件)： 2′-デオキシ-2′β-メチルウリジン ,  2′-O-メチルウリジン ,  5-ブロモ-2′-C-メチルウリジン

タイトルに関連する用語 (2件)： 核酸 ,  立体配座