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J-GLOBAL ID：201302261614045453   整理番号：13A0894569

タンパク質シグネチャーに基づいた生物ドメインとウイルスを含むメタゲノム存在量の推定

Protein signature-based estimation of metagenomic abundances including all domains of life and viruses

著者 (4件)： KLINGENBERG Heiner (Univ. Goettingen, Goettingen, DEU) ,  ASSHAUER Kathrin Petra (Univ. Goettingen, Goettingen, DEU) ,  LINGNER Thomas (Univ. Goettingen, Goettingen, DEU) ,  MEINICKE Peter (Univ. Goettingen, Goettingen, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 8  ページ： 973-980  発行年： 2013年04月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタゲノム解析では配列データから生物種分類を推定するツールが必要であるが,データ組成についての予備知識が得られないため,生物種プロファイルには3つのドメインに加えウイルスも含める必要がある。しかしながら全ての領域にわたった解析は事実上困難であり。特に,古細菌とウイルスはゲノムデータベースにおいて参照データが乏しい。タンパク質シグネチャーの混合モデルに基づいて,メタゲノムデータの分類学的プロファイリングのための新しい手法を紹介した。模擬データと実データを用いた実験により,既存の方法では古細菌やウイルスの存在量を測定するのは困難であるのに比べ,提案手法のプロファイリングは高い性能を示した。応用例としてHuman Microbiome Projectのデータを使った大規模解析を挙げる。http://gobics.de/TaxyProから入手可能。

シソーラス用語： *ゲノム ,  アミノ酸配列 ,  生物分類 ,  古細菌 ,  ウイルス ,  データベース
準シソーラス用語： *メタゲノム

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： タンパク質 ,  シグネチャー ,  生物 ,  ドメイン ,  ウイルス ,  メタゲノム ,  推定