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J-GLOBAL ID：201302262277830999   整理番号：13A0579422

オルソロガス蛋白質配列を用いて低品質ゲノムを足場に組む

Scaffolding low quality genomes using orthologous protein sequences

著者 (2件)： LI Yang I. (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  COPLEY Richard R. (Univ. Oxford, Oxford, GBR)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 2  ページ： 160-165  発行年： 2013年01月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オルソロガス蛋白質を用い低品質ゲノム集合を改良するSWiPS(蛋白質配列による足場組み)パイプラインを提唱し,相同性によって遺伝子構造を予測するとともに蛋白質配列を既存のコンティグ足場ガイドとして利用する。このアルゴリズムは,Ciona intestinalis次世代模擬データ,Drosophila melanogaster次世代実在データ,Homo sapiensゲノム集合,Callorhinchus milii低カバー度Sanger配列集合,でテストされた。N50の改善はC.intestinalisとH.sapiens集合では~20%であり,大サイズの遺伝子間領域を考慮すると意義深い。ゲノム空間を推定するCEGMAパイプラインによって,検索された遺伝子数はC.miliiで>110%までに,C.intestinalisで20から40%に増加した。85-90%の足場が完全に正しく,95%以上の局所コンティグ結合が正しい。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  染色体地図 ,  *クローン ,  ゲノム ,  パイプライン処理 ,  *ヌクレオチド配列 ,  遺伝学 ,  相同性 ,  分子構造 ,  カタユウレイボヤ ,  ショウジョウバエ ,  ヒト ,  プロテオーム ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： Ciona intestinalis ,  *DNA配列 ,  Drosophila melanogaster ,  *オルソロガス蛋白質 ,  ゲノム解析 ,  *コンティグ ,  コンティグ地図作成 ,  ホモ・サピエンス ,  遺伝子構造

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： オルソロガス蛋白質 ,  ゲノム ,  足場