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J-GLOBAL ID：201302262625025531   整理番号：13A1275914

L1-調整した疎Markovネットワークによるコムギの連鎖不平衡の評価

Evaluation of linkage disequilibrium in wheat with an L1-regularized sparse Markov network

著者 (4件)： MOROTA Gota (Univ. of Wisconsin, Dep. of Animal Sciences, 53706, Madison, WI, USA) ,  GIANOLA Daniel (Univ. of Wisconsin, Dep. of Animal Sciences, 53706, Madison, WI, USA) ,  GIANOLA Daniel (Univ. of Wisconsin, Dep. of Biostatistics and Medical Informatics, 53706, Madison, WI, USA) ,  GIANOLA Daniel (Univ. of Wisconsin, Dep. of Dairy Sci., 53706, Madison, WI, USA)
資料名： Theoretical and Applied Genetics  (Theoretical and Applied Genetics)
巻： 126  号： 8  ページ： 1991-2002  発行年： 2013年08月 
JST資料番号： D0382B  ISSN： 0040-5752  CODEN： THAGA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 連鎖不平衡(LD)は2個以上の遺伝子座での対立遺伝子間の確率論的依存性として定義される。LDの理解は多数種での遺伝学的検討で重要であるが,ゲノムに横断的に分布する多数の遺伝子座間の共分散構造をどの様に表現すべきなのかに付いては殆ど注意が払われていない。もし細胞レベルでの生物システムが遺伝子ネットワークを含むならば,ネットワークの見地,すなわち複雑系に関与する関連遺伝子座の組からのLD評価が興味を引く。ここでは599種類のコムギ近交系に由来する1279マーカーに基づくデータを用いてLDを検討するためにMarkovネットワーク(MN)を適用した。このMNによって,マーカー2個の間の関係をネットワーク中の残りのマーカー類に応じて説明することを試みた。この検討では,MNパラメータ類でのL1罰則を条件とした擬似的類似性の2種類の変異体により,LDネットワークの構造回復を実施した。L1-調整したMarkovネットワークはBayesianネットワーク(BN)の特性を保存しており,結果として得られるネットワーク中の節点は関連性が殆どないことを示した。結果として得られる疎ネットワークは条件付の独立性をコードしており,BNよりも少数の端部個数しか含まないために限界的なLD計量よりも明瞭な関連図を与え,疎なグラフは解釈を著しく容易にする。このようにL1-調整した疎Markovネットワークは高次元の遺伝データを伴う条件付LDを表現するのに魅力があり,そこでは変数,例えば一塩基多型マーカー類の疎なつながりが期待される。Copyright 2013 Springer-Verlag Berlin Heidelberg Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *確率モデル ,  *コムギ ,  対立遺伝子 ,  遺伝子座 ,  共分散 ,  ネットワーク ,  複合系 ,  DNAマーカー ,  節点 ,  端部 ,  一塩基多型 ,  突然変異体 ,  遺伝的連鎖
準シソーラス用語： *連鎖 ,  Bayesianネットワーク ,  *Markovモデル ,  SSRマーカー ,  遺伝子ネットワーク ,  近交系 ,  *連鎖不平衡

分類 (2件)： 麦  (FC03033M) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： L1 ,  コムギ ,  連鎖不平衡 ,  評価