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J-GLOBAL ID：201302264081668010   整理番号：13A1870380

高解像度のChIP-seqのデータからの転写因子結合部位の同定

Identification of transcription factor binding sites from ChIP-seq data at high resolution

著者 (8件)： BARDET Anais F. (Res. Inst. Molecular Pathology(IMP)) ,  BARDET Anais F. (Friedrich Miescher Inst. Biomedical Res.(FMI), Basel, CHE) ,  STEINMANN Jonas (Inst. Molecular Biotechnology(IMBA), Vienna, AUT) ,  BAFNA Sangeeta (Stowers Inst. Medical Res., MO, USA) ,  BAFNA Sangeeta (Vanderbilt Univ., TN, USA) ,  KNOBLICH Juergen A. (Inst. Molecular Biotechnology(IMBA), Vienna, AUT) ,  ZEITLINGER Julia (Stowers Inst. Medical Res., MO, USA) ,  STARK Alexander (Res. Inst. Molecular Pathology(IMP))
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 21  ページ： 2705-2713  発行年： 2013年11月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クロマチン免疫沈降シークエンス(ChIP-seq)は転写因子(TF)やその調節標的の結合部位のin vivoでの研究に広く利用されており,手法の改良に伴いより良い計算ツールが必要とされている。密集したTF結合部位を高解像度で同定するツール,peakzillaを開発した。異なる実験的断片サイズよるショウジョウバエの胚のTFツイストのChIP-seqを実施し,その半合成データセットに適応し,ChIP-exoデータセットを分析した。密集したツイスト結合部位は転写エンハンサーに富んでいることがわかり,多数の非機能的,中立的なTF結合から機能的TFを区別するサインであることを示唆している。プログラムはhttps://github.com/steinmann/peakzillaまたはhttp://www.starklab.org/data/peakzilla/から入手可能。

シソーラス用語： *転写因子 ,  結合部位 ,  *免疫沈降反応 ,  胚 ,  ショウジョウバエ ,  エンハンサー領域 ,  応用プログラム
準シソーラス用語： *ChIP-seq法 ,  ツールキット

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 高解像度 ,  CHIP ,  転写因子結合部位 ,  同定