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J-GLOBAL ID：201302264895862438   整理番号：13A0408347

次世代シーケンサーとオプティカルマップデータを利用したイネ(Oryza sativa)日本晴れの基準ゲノムの修正

Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data

著者 (24件)： KAWAHARA Yoshihiro (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  DE LA BASTIDE Melissa (Cold Spring Harbor Lab. (CSHL), 11723, Cold Spring Harbor, NY, USA) ,  HAMILTON John P (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  KANAMORI Hiroyuki (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  MCCOMBIE W Richard (Cold Spring Harbor Lab. (CSHL), 11723, Cold Spring Harbor, NY, USA) ,  OUYANG Shu (Perkin Elmer, Room 4096, 8490 Progress Drive, 21701, Frederick, MD, USA) ,  SCHWARTZ David C (Univ. of Wisconsin-Madison, UW-Biotechnology Center, Lab. for Molecular and Computational Genomics, 425 Henry Mall ...) ,  TANAKA Tsuyoshi (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  WU Jianzhong (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  ZHOU Shiguo (Univ. of Wisconsin-Madison, UW-Biotechnology Center, Lab. for Molecular and Computational Genomics, 425 Henry Mall ...) ,  CHILDS Kevin L (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  DAVIDSON Rebecca M (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  DAVIDSON Rebecca M (National Jewish Health, Integrated Center for Genes, Environment and Health, Denver, CO, USA) ,  LIN Haining (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  LIN Haining (Dupont Pioneer, 7200 NW 62nd Ave, 50131, Johnston, IA, USA) ,  QUESADA-OCAMPO Lina (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  VAILLANCOURT Brieanne (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  SAKAI Hiroaki (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  LEE Sung Shin (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  KIM Jungsok (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  NUMA Hisataka (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  ITOH Takeshi (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN) ,  BUELL C Robin (Michigan State Univ., Plant Biology Laboratories, Dep. of Plant Biology, 612 Wilson Rd, 48824, East Lansing, MI, USA) ,  MATSUMOTO Takashi (National Inst. of Agrobiological Sciences, Agrogenomics Res. Center, 2-1-2 Kannondai, Tsukuba, 305-8602, Ibaraki, JPN)
資料名： Rice (Web)  (Rice (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 1-10  発行年： 2013年12月 
JST資料番号： U7002A  ISSN： 1939-8425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】;イネの研究は,国際イネゲノムシークエンシングプロジェクト(IRGSP)によって2005年に作成された高品質の基準ゲノム配列を利用することによって可能になった。さらにゲノムを利用した研究を促進するために,イネ(Oryza sativa)の栽培品種,日本晴れについてゲノムアセンブリーおよび配列を更新し検証した。【結果】;イネに対するoptical mapによるクローンの最小タイリングパスを修正し,検証することによって日本晴れのゲノムアセンブリーを最新のものにした。修正されたゲノムアセンブリーにおけるシークエンシングエラーはIllumina Genome Analyzer II/IIxプラットホームを利用し,2種の異なる日本晴れのゲノムを再シークエンシングすることによって確認した。計4,886のシークエンシングエラーを集めたゲノムを確認したところ,元のIRGSPアセンブリー中のエラー率は10,000個のヌクレオチド当たりわずか0.15であることが分かった。少数(5)の挿入/削除をRoche454ピロ塩基配列決定法プラットホームを用いて,長リードを利用し確認した。再シークエンシングデータをそれぞれ2つの異なる個体から作出し,IRGSPを検討し,元の個体と再シークエンシングに用いた2個体間の対立遺伝子の違いを明らかにすることができた。修正したアセンブリー,Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0,はRice Annotation ProjectおよびMichigan State University Rice Genome Annotation Project,で利用されており,イネの研究に役立っている。【結論】;日本晴れゲノム配列を検討し,エラーを訂正した。得られたデータはイネの研究促進につながる。3種の異なる日本晴れに関する対立遺伝子の違いについては,今後,検討すべき課題である。Copyright 2013 Kawahara et al.; licensee Springer. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *イネ ,  *水稲 ,  *ゲノム ,  *自動分析計 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *遺伝学実験技術 ,  測定データ ,  クローン ,  対立遺伝子 ,  栽培品種 ,  生物多様性
準シソーラス用語： マップデータ ,  遺伝多様性 ,  *次世代シーケンサー ,  *日本晴 ,  Oryza sativa

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  稲作  (FC03020C)

タイトルに関連する用語 (4件)： 次世代シーケンサー ,  イネ ,  Oryza ,  基準ゲノム