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J-GLOBAL ID：201302265482738808   整理番号：13A1196469

タンパク質内部への一時的な接近 シミュレーション対NMR

Transient Access to the Protein Interior: Simulation versus NMR

著者 (2件)： PERSSON Filip (Lund Univ., Lund, SWE) ,  HALLE Bertil (Lund Univ., Lund, SWE)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 135  号： 23  ページ： 8735-8748  発行年： 2013年06月12日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウシ膵臓トリプシン阻害物質の4か所の内部水和部位からの水交換について,最新の分子動力学シミュレーションにより検討した。ウシ膵臓トリプシン阻害因子の内部水和部位からの水交換は残存相関関数により点過程として正確に示され,交換媒介性配向ランダム化(EMOR)モデルは定量的に正確であることが分かった。2か所の水和部位の平均残存時間はシミュレーションにより定量的に再現されたが,他の2か所では活性化エネルギーオフセットとして1.5-3k_BTの相違が認められた。シミュレーションした水和部位は過度に柔軟で,水フリップバリアーは6k_BTまで低く見積もられた。また,水分子は,一過性の水管機構により,一過性のトンネルあるいはポアを介して1列の水分子鎖として移動しながら,内部部位に接近することが示された。

シソーラス用語： NMR【磁気共鳴】 ,  分子動力学 ,  分散【dispersion】 ,  分子配向 ,  *トリプシン阻害剤 ,  ウシ ,  活性化エネルギー ,  水和 ,  *結合水 ,  交換反応 ,  確率論 ,  水分子 ,  シミュレーションモデル ,  *動物タンパク質
準シソーラス用語： *ウシ膵臓トリプシン阻害剤 ,  緩和分散

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： タンパク質 ,  接近 ,  シミュレーション ,  NMR