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J-GLOBAL ID：201302265761666795   整理番号：13A1597133

部分的なクラスタリングを使用する正しい蛋白質のホールディングを検出する改良した方法

An improved method to detect correct protein folds using partial clustering

著者 (2件)： ZHOU Jianjun (JHK Co., Ltd., Guangdong, CHN) ,  WISHART David S (Univ. Alberta, Alberta, CAN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： Jan  ページ： 14:11 (WEB ONLY)  発行年： 2013年01月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造に基礎を置くクラスター化は正しい折り畳み(fold)を蛋白質構造予測プログラムにより生成された候補のfold(decoysとも呼ぶ)の中から同定するために一般に使用されているが,伝統的なクラスタリング法は大きなdecoyセットでは実行時間の性能が不充分である。そこで,進歩したスコア判定と組み合わせて,速度と性能でより効率的にできる部分クラスタリングのアプローチを仮定し,実行は速いが蛋白質のdecoyは不完全になる方法を提案した。この方法は実際にCαRMSD,GDT-TSのスコアを使用して,そこから抽出した代表的なものにdecoyをクラスターに割り当てずに,類似のdecoyを検出した。この戦略を正しいfoldの同定で性能と速度わ評価するスコア関数と統合した。35Rosettaと40のI-TASSER decoyセットの実験で正しいfold検出速度が向上し,HS-Forestと名付けた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *クラスタ化 ,  *折畳み ,  予測技法 ,  *関数 ,  数値計算
準シソーラス用語： クラスタリング ,  スコア関数 ,  蛋白質構造予測

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (2件)： クラスタリング ,  蛋白質