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J-GLOBAL ID：201302266465406350   整理番号：13A1160999

強力で効果的に混同を処理する遺伝子マーカーセットのテスト

A powerful and efficient set test for genetic markers that handles confounders

著者 (6件)： LISTGARTEN Jennifer (Microsoft Res., CA, USA) ,  LIPPERT Christoph (Microsoft Res., CA, USA) ,  KANG Eun Yong (Microsoft Res., CA, USA) ,  XIANG Jing (Microsoft Res., CA, USA) ,  KADIE Carl M. (Microsoft Res., CA, USA) ,  HECKERMAN David (Microsoft Res., CA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 12  ページ： 1526-1533  発行年： 2013年06月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム-ワイド結合研究(GWAS)と単一ヌクレオチド多形(SNP)は次世代シークエンシングの発展があり,遺伝子と病気の関係の解明に広く用いられている。しかし,現在の方法は人種に特有や家族関係のない仲間で現れる混同する構造を扱うことはできない。そこで,この混同に存在する遺伝子マーカーをテストするセットの新規で効率的なアプローチを開発した研究である。方法として新しい統計的な線形混合モデル(LMM)を開発した。また,混同が存在するときのP-値の計算をSNPに対して行った。データセットは常染色体データからなるGAW14を用いた。また,実際のデータであるWTCCCデータセットから合成データを作成して用いた。相似性比テストとスコアテストでこの新規な方法を評価した。その結果,混同を補正し,1変数解析では回復できないものを解明した。

シソーラス用語： *一塩基多型 ,  遺伝学実験技術 ,  *統計的線形モデル ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： GWAS ,  SNP ,  線形混合モデル ,  *単一ヌクレオチド多型

分類 (2件)： 遺伝学一般  (EC01010C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 遺伝子マーカー ,  テスト