文献

J-GLOBAL ID：201302269735350556   整理番号：13A1060872

独立変数として二面対角を用いる,蛋白質データバンクにおける生体分子に対する弾性ネットワークモデルに基づく基準モード解析

Normal mode analysis based on an elastic network model for biomolecules in the Protein Data Bank, which uses dihedral angles as independent variables

著者 (2件)： WAKO Hiroshi (School of Social Sciences, Waseda Univ., Shinjuku, Tokyo 169-8050, JPN) ,  ENDO Shigeru (Dep. of Physics, Fac. of Sci., Kitasato Univ., Sagamihara, Kanagawa 252-0373, JPN)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 44  ページ： 22-30  発行年： 2013年06月 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは独立変数として二面角を用いる弾性ネットワークモデルに基づく基準モード解析(NMA)を行う,PDBETAと名付けられた,計算機プログラムを開発した。二面角空間において分子構造を記述するために必要とされる比較的少数の自由度と原子種に依存しない単純な位置エネルギー関数を利用して,著者らは蛋白質データバンク(PDB)における任意の分子の全原子系に適用可能なプログラムを開発することを目標とした。PDBETAで用いられるNMAのためのアルゴリズムは,以前に開発された,計算機プログラムFEDER/2と同じである。従って,PDBETAを開発する際の主な挑戦はPDBデータを二面角空間における分子構造情報に自動的に変換することのできる方法を見出すことであった。ここで,著者らは蛋白質DNA複合体,蛋白質tRNA複合体,と幾つかの非蛋白質小分子でPDBETAの性能を例証し,PDBETAによって計算された原子のゆらぎがPDBにおけるこれらの分子の温度因子データを再現することを示す。比較はデカルト座標系における弾性ネットワークベースNMAでも為された。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 二面角 ,  データベース ,  計算機プログラム ,  *基準モード ,  立体配座 ,  調和振動子ポテンシャル ,  *タンパク質核酸複合体 ,  DNA【核酸】 ,  tRNA ,  ポテンシャルエネルギー ,  ゆらぎ ,  DNA制限酵素 ,  *分子構造 ,  アミノ糖 ,  シクロペプチド ,  芳香族塩素化合物 ,  オリゴペプチド ,  多価フェノール ,  二糖類 ,  架橋化合物 ,  ピラノシド ,  芳香族縮合化合物 ,  エーテル ,  糖エステル ,  グルコシド ,  糖エーテル ,  脂環式アルコール ,  三環ジテルペン ,  ジオール ,  脂環式化合物 ,  ビタミンA ,  不飽和アルデヒド ,  ポリエン ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族アミン ,  芳香族カルボン酸 ,  脂肪族カルボン酸 ,  カルボアミド
準シソーラス用語： 位置エネルギー ,  制限エンドヌクレアーゼ ,  蛋白質データバンク ,  *蛋白質構造

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  生体物質一般  (EB02010G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (4件)： バンコマイシン ,  フシコクシン ,  レチナール ,  葉酸

タイトルに関連する用語 (7件)： 独立変数 ,  角 ,  蛋白質データバンク ,  生体分子 ,  弾性 ,  ネットワークモデル ,  基準モード解析