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J-GLOBAL ID：201302269910320681   整理番号：13A0088318

分子ネットワークから推定された遺伝子オントロジー

A gene ontology inferred from molecular networks

著者 (9件)： DUTKOWSKI Janusz (Univ. California San Diego, California, USA) ,  KRAMER Michael (Univ. California San Diego, California, USA) ,  IDEKER Trey (Univ. California San Diego, California, USA) ,  SURMA Michal A (Max Planck Inst. of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, DEU) ,  SURMA Michal A (Univ. California San Francisco, California, USA) ,  KROGAN Nevan J (Univ. California San Francisco, California, USA) ,  BALAKRISHNAN Rama (Stanford Univ., California, USA) ,  CHERRY J Michael (Stanford Univ., California, USA) ,  KROGAN Nevan J (J. David Gladstone Inst., California, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 31  号： 1  ページ： 38-45  発行年： 2013年01月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： タームおよびその相互関係の階層構造という形で知識を得るうえで,オントロジーはきわめて有用なものとなっている。生物学的知識が不完全であるとともに,その知識を手作業でキュレーションする方法に一貫性がないことから,遺伝子機能に関するオントロジーの構築は生物学の大きな課題となっている。本論文では,酵母Saccharomyces cerevisiaeの遺伝子・タンパク質相互作用の大規模なネットワークを用いることにより,手動キュレーションによるジーンオントロジー(GO)に匹敵する適応範囲および威力を持つオントロジーが推定されることを示す。ネットワークによって抽出されたこのオントロジー(NeXO)には4,123個の生物学的タームおよび5,766組のターム関係が含まれ,既知の細胞成分の58%が捕捉されている。さらに,もともとはGOに組み込まれていなかった確実なNeXOタームおよびターム関係を検討した結果,分析に基づいて複数が追加された。定量的遺伝子相互作用プロファイル解析およびケモゲノミクスにより,NeXOで発見された未知のタームの多くがさらに裏付けられ,その中にはタンパク質輸送やミトコンドリア機能に関連する多サブユニット構造も含まれていた。この研究により,オントロジーを利用したデータ評価から,データを利用したオントロジーの構築および評価への移行が可能となる。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： *オントロジー ,  Saccharomyces cerevisiae ,  遺伝学 ,  *ネットワーク ,  相互作用 ,  遺伝子 ,  サブユニット ,  情報収集 ,  *遺伝学実験技術 ,  *解析
準シソーラス用語： *遺伝子オントロジー ,  ケモゲノミクス ,  *分子ネットワーク ,  プロファイル解析 ,  遺伝子相互作用 ,  *ネットワーク抽出性オントロジー ,  *包括的遺伝子解析 ,  定量的遺伝子相互作用プロファイル解析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 分子ネットワーク ,  推定 ,  遺伝子オントロジー