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J-GLOBAL ID：201302272304910466   整理番号：13A0652783

反応座標の最適性

On Reaction Coordinate Optimality

著者 (1件)： KRIVOV Sergei V. (Leeds Univ., Leeds, GBR)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 1  ページ： 135-146  発行年： 2013年01月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Markovモデルに従う平衡動力学系について,任意の二状態間の動力学の定量的記述が可能な最適反応座標(A)が構築できることを示した。遷移の長さ積分により定義される自由エネルギー断面プロフィルが一定となる最適座標は位置およびサンプリング間隔に依存しない。Aはいくつかの特徴をもつ。二つの境界状態間の平衡フラックスは座標に伴う自由エネルギープロフィル上の拡散として厳密計算が可能である。Aに投影されたトラジェクトリの平均二乗距離は時間に対して直線となる。Sierpinskiガスケット,FIP35蛋白質,ベータ3s蛋白質への適用例を示した。

シソーラス用語： *反応座標 ,  *最適化 ,  Markov過程 ,  平衡 ,  動力学 ,  自由エネルギー ,  依存性 ,  信号標本化 ,  拡散 ,  タンパク質
準シソーラス用語： サンプリング【標本化】 ,  位置依存性

分類 (2件)： 反応速度論・触媒一般  (CB06010G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 反応座標 ,  最適性