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J-GLOBAL ID：201302274162029948   整理番号：13A1144765

バイオテクノロジー的興味の特殊代謝産物を生産する非モデル植物の次世代シーケンシングに基づいたトランスクリプトーム解析

Transcriptome analysis based on next-generation sequencing of non-model plants producing specialized metabolites of biotechnological interest

著者 (24件)： XIAO Mei (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Calgary, 3330 Hospital Drive NW, Calgary, Alberta T2N 4N1, CAN) ,  ZHANG Ye (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Calgary, 3330 Hospital Drive NW, Calgary, Alberta T2N 4N1, CAN) ,  CHEN Xue (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  LEE Eun-jeong (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  BARBER Carla J.S. (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  CHAKRABARTY Romit (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  DESGAGNE-PENIX Isabel (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  HASLAM Tegan M. (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  KIM Yeon-bok (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  LIU Enwu (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  MACNEVIN Gillian (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  MASADA-ATSUMI Sayaka (Dep. of Biological Sciences and Centre for Biotechnology, Brock Univ., 500 Glenridge Avenue, St. Catharines, Ontario ...) ,  REED Darwin W. (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  STOUT Jake M. (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  ZERBE Philipp (Michael Smith Laboratories, Univ. of British Columbia, 301-2185 East Mall, Vancouver, British Columbia V6T 1Z4, CAN) ,  ZHANG Yansheng (CAS Key Lab. of Plant Germplasm Enhancement and Specialty Agriculture, Wuhan Botanical Garden, The Chinese Acad. of ...) ,  BOHLMANN Joerg (Michael Smith Laboratories, Univ. of British Columbia, 301-2185 East Mall, Vancouver, British Columbia V6T 1Z4, CAN) ,  COVELLO Patrick S. (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  DE LUCA Vincenzo (Dep. of Biological Sciences and Centre for Biotechnology, Brock Univ., 500 Glenridge Avenue, St. Catharines, Ontario ...) ,  PAGE Jonathan E. (National Res. Council of Canada, 110 Gymnasium Place, Saskatoon, Saskatchewan S7N 0W9, CAN) ,  RO Dae-kyun (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  MARTIN Vincent J.J. (Dep. of Biology, Concordia Univ., 7141 Rue Sherbrooke West, Montreal, Quebec H4B 1R6, CAN) ,  FACCHINI Peter J. (Dep. of Biological Sciences, Univ. of Calgary, 2500 Univ. Drive NW, Calgary, Alberta T2N 1N4, CAN) ,  SENSEN Christoph W. (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Univ. of Calgary, 3330 Hospital Drive NW, Calgary, Alberta T2N 4N1, CAN)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 166  号： 3  ページ： 122-134  発行年： 2013年07月10日 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物は膨大な数の特定代謝産物を生産し,その多くが医薬品や風味物質,香料,その他高価値精製化学品として利用される。しかし,これら化合物の多くは,未だゲノム配列情報が入手できない非モデル植物が生産する。次世代技術による大量のヌクレオチド配列データの生産は,特に,最新のRoche454シーケンサーやIlluminaシーケンサーが塩基呼び出し精度の増強により,今やかなり速くなり,費用効率が高くなっている。非モデル植物で特定代謝産物の生合成を調べる目的で,著者らは,バイオテクノロジー応用にとって興味ある化合物を産生する75種類の非モデル植物由来トランスクリプトームの構築と分析のために,データマイニング枠組みや次世代シーケンサー採用,計算アルゴリズムを確立した。配列組立後の大規模注釈手法を80万個以上の暫定転写体に対する機能情報の割り当てに応用した。注釈は,RefSeqやInterProを含む公開データベースに対する直接検索に基づいた。遺伝子腫瘍学(GO)や酵素委員会(EC)注釈,関連遺伝子とゲノムの京都百科事典(KEGG)経路地図もまた収集した。概念実証として,6つの特定代謝経路と関連する生合成遺伝子候補の選択について述べた。インターネットベースのBLASTサーバはPhytoMetaSynプロジェクト(www.phytometasyn.ca)の全75植物種用集合トランスクリプトームデータベースに公開アクセスを可能にした。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *自動分析計 ,  *植物 ,  *トランスクリプトーム ,  *代謝産物 ,  バイオテクノロジー ,  データベース ,  *データマイニング ,  アルゴリズム ,  ヌクレオチド配列 ,  *遺伝学実験技術 ,  代謝経路 ,  計算機システム ,  窒素複素環化合物 ,  フェノール類 ,  フェノールエーテル ,  第四アンモニウム ,  芳香族縮合化合物 ,  脂環式化合物 ,  脂肪酸 ,  ラクトン ,  オレフィン化合物 ,  不飽和カルボン酸 ,  ポリオール ,  サーバ【計算機】 ,  計算アルゴリズム ,  *次世代シーケンサー ,  *分子配列注釈
準シソーラス用語： BLASTサーバ ,  InterPro ,  *Illuminaシーケンサー ,  RefSeq ,  *Roche454シーケンサー ,  公開データベース

分類 (5件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  物質の代謝  (EH02050Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (14件)： クンゼアオール ,  (+)-マグノフロリン ,  (S)-N-メチルコクラウリン ,  (S)-コクラウリン ,  コリツベリン ,  スチロピン ,  タプシガルギン ,  ファルネシルジホスファート ,  バレレン酸 ,  ヘルナンズルシン ,  (±)-パビン ,  rac-(5S^*,11S^*)-13-メチル-5,6,11,12-テトラヒドロ-2,3,8,9-テトラメトキシ-5,11-エピミノジベンゾ[a,e]シクロオクテン ,  (12bS)-5-メチル-6,7,12bβ,13-テトラヒドロ-4H-ビス[1,3]ベンゾジオキソロ[5,6-a:4′,5′-g]キノリジン-5-イウム ,  ヒペルホリン

タイトルに関連する用語 (6件)： バイオテクノロジー ,  興味 ,  代謝産物 ,  モデル植物 ,  次世代シーケンシング ,  トランスクリプトーム解析