文献

J-GLOBAL ID：201302276210881115   整理番号：13A1449132

Leptospirillumクレードの新グループ:新菌種”LeptospirillumグループIV UBA BS”の培養依存性集団ゲノミクス,プロテオミクス及びトランスクリプトミクス

New Group in the Leptospirillum Clade: Cultivation-Independent Community Genomics, Proteomics, and Transcriptomics of the New Species “Leptospirillum Group IV UBA BS”

著者 (7件)： GOLTSMAN Daniela S. Aliaga (Univ. California, California, USA) ,  DASARI Mauna (Univ. California, California, USA) ,  THOMAS Brian C. (Univ. California, California, USA) ,  SHAH Manesh B. (Oak Ridge National Lab., Tennessee, USA) ,  VERBERKMOES Nathan C. (Oak Ridge National Lab., Tennessee, USA) ,  HETTICH Robert L. (Oak Ridge National Lab., Tennessee, USA) ,  BANFIELD Jillian F. (Univ. California, California, USA)
資料名： Applied and Environmental Microbiology  (Applied and Environmental Microbiology)
巻： 79  号： 17  ページ： 5384-5393  発行年： 2013年09月 
JST資料番号： A0427A  ISSN： 0099-2240  CODEN： AEMIDF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Richmond鉱山内酸性排水システムにて増殖しているセンチメートル厚に近い異常な遊離のバイオフィルムの集団について記述した。次いで,稀な非培養性集団メンバーのLeptospirillumグループIVでの新グループの代表,新菌種”LeptospirillumグループIV UBA BS”の部分ゲノムをバイオフィルム由来集団メタゲノムのデータより選択し,識別へ適用した。これらの細菌はバイオフィルムにて各種古細菌,Actinobacterなどと共に配列決定集団の3%以下のLeptospirillum spp.からなっていた。LeptospirillumグループIV UBA BSはその最も密接に関連のあるL.ferrodiazotrophumとのオーソロガスの間で98%16S rRNA及び70%平均アミノ酸の各々同一性を占めていた。窒素固定及び逆行的トリカルボン酸回路の存在は嫌気性代謝を示唆した。集団トランスクリプトーム及びプロテオーム分析はヒドロゲナーゼ及びコア遺伝子と同様に,この菌種にユニークな多銅オキシダーゼが発現されていることを証明した。また,新菌種はかなりの酸性環境にて炭素及び窒素の固定,水素代謝,及び鉄酸化で重要な役割を果たしていること,を示唆した。本検討は相対的に少ない量の集団メンバーの生理機能に対する洞察を得ることで集団ゲノミクスが力を発揮すること,を証明した。

シソーラス用語： *鉱山 ,  システム ,  *鉱山排水 ,  *細菌 ,  *生物分類 ,  系統発生 ,  依存性 ,  遺伝学 ,  *ゲノム ,  *プロテオミクス ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  細胞増殖 ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  相同性 ,  ヌクレオチド配列 ,  アミノ酸配列 ,  アミノ酸残基 ,  窒素固定 ,  クエン酸サイクル ,  嫌気的代謝 ,  ヒドロゲナーゼ ,  オキシダーゼ ,  酸化 ,  *クレード ,  *バイオフィルム ,  ゲノミクス ,  *トランスクリプトーム解析 ,  オルソログ遺伝子 ,  オルソログ蛋白質 ,  *微生物 ,  自然科学
準シソーラス用語： 生物膜 ,  *Richmond鉱山 ,  *酸性排水システム ,  排水システム ,  *LeptospirillumグループIV UBA BS ,  培養依存性 ,  *集団ゲノミクス ,  *トランスクリプトミクス ,  Leptospirillum ferrodiazotrophum ,  オルソロガス遺伝子 ,  オルソロガス蛋白質 ,  逆行的トリカルボン酸回路 ,  TCA回路 ,  嫌気性代謝 ,  コア遺伝子 ,  銅オキシダーゼ ,  水素代謝 ,  鉄酸化

分類 (2件)： 微生物学(ウイルス以外)一般  (EG03010C) ,  鉱山排水一般  (UA03041Y)

タイトルに関連する用語 (11件)： Leptospirillum ,  クレード ,  グループ ,  菌 ,  BS ,  培養 ,  依存性 ,  集団 ,  ゲノミクス ,  プロテオミクス ,  トランスクリプトミクス